普通测序能找到甲基化位点吗
找甲基化位点也就CpG岛一般是有以下几个方法：
1. MSP,亚硫酸氢盐转化后,将你想测的基因区域（如启动子区）转入细菌质粒中,进行测序（金标准）.挑克隆7/10是甲基化的克隆认为这个位点70%甲基化.大概可以测400+片段,但是问题是没有办法太精确,因为测得越多越精确,测太多太贵.
2. 焦磷酸测序,这里指的是Qiagen的PyroMark焦磷酸测序,亚硫酸氢盐转化后,对于启动子片段进行PCR扩增,测序,测出甲基化程度,仪器中Q24有FDA的认证,可以合作开发开发试剂盒.大概可以测60-70bp片段,胜在快速和稳定,但是引物设计成功率不高50%左右,适合小样本.
3. MassARRAY平台进行甲基化检测,用的是质谱法,也是亚硫酸氢盐转化,针对目标片段可以最多到500bp,但是问题是要求样本量一般比较大,位点数*样本数要等于384才好做,至少大于300因为那东西一张片子384,用两次就废了,一周不用完也废了.
4. 甲基化芯片如果你一还没有找到基因那你用这个做个初筛不错.
5. 甲基化测序,这个比较高端,也比较贵,25000一个,一般来说是去筛选未知的一些甲基化位点的方式,全基因组范畴,效果拔群.
找甲基化位点也就CpG岛一般是有以下几个方法：
1. MSP，亚硫酸氢盐转化后，将你想测的基因区域（如启动子区）转入细菌质粒中，进行测序（金标准）。挑克隆7/10是甲基化的克隆认为这个位点70%甲基化。大概可以测400+片段，但是问题是没有办法太精确，因为测得越多越精确，测太多太贵。
2. 焦磷酸测序，这里指的是Qiagen的PyroMark焦磷酸测序，亚硫酸氢盐转化后，对于启动子片段进行PCR扩增，测序，测出甲基化程度，仪器中Q24有FDA的认证，可以合作开发开发试剂盒。大概可以测60-70bp片段，胜在快速和稳定，但是引物设计成功率不高50%左右，适合小样本。
3. MassARRAY平台进行甲基化检测，用的是质谱法，也是亚硫酸氢盐转化，针对目标片段可以最多到500bp，但是问题是要求样本量一般比较大，位点数*样本数要等于384才好做，至少大于300因为那东西一张片子384，用两次就废了，一周不用完也废了。
4. 甲基化芯片如果你一还没有找到基因那你用这个做个初筛不错。
5. 甲基化测序，这个比较高端，也比较贵，25000一个，一般来说是去筛选未知的一些甲基化位点的方式，全基因组范畴，效果拔群。
这里有几种常用的找甲基化位点的测序方法：
第一种是重亚硫酸盐测序。重亚硫酸盐使DNA中未发生甲基化的胞嘧啶脱氨基转变成尿嘧啶，而甲基化的胞嘧啶保持不变，行PCR扩增(引物设计时尽量避免有CpG，以免受甲基化因素的影响)所需片段，则尿嘧啶全部转化成胸腺嘧啶。最后，对PCR产物进行测序，并且与未经处理的序列比较，判断是否CpG位点发生甲基化。此方法一种可靠性及精确度很高的方法，能明确目的片段中每一个CpG位点的甲基化状态。在寻找有意义的关键性CpG位点上，有其他方法无法比拟的优点。测序法以CpG岛两侧不含CpG点的一段序列为引物配对区，所以能够同时扩增出甲基化和非甲基化靶序列。它的不足是耗费时间和耗资过多，至少要测序10个以上的克隆才能获得可靠数据，需要大量的克隆及质粒提取测序，过程较为繁琐、昂贵。
第二种甲基化DNA免疫共沉淀MeDIP-Seq（Methylated DNA Immunoprecipitation Sequencing）测序，是基于抗体富集原理进行测序的全基因组甲基化检测技术，采用甲基化DNA免疫共沉淀技术，通过5'-甲基胞嘧啶抗体特异性富集基因组上发生甲基化的DNA片段，然后通过高通量测序可以在全基因组水平上进行高精度的CpG密集的高甲基化区域研究。MeDIP-Seq（Methylated DNA Immunoprecipitation Sequencing）测序是基于抗体富集原理进行测序的全基因组甲基化检测技术，采用甲基化DNA免疫共沉淀技术，通过5'-甲基胞嘧啶抗体特异性富集基因组上发生甲基化的DNA片段，然后通过高通量测序可以在全基因组水平上进行高精度的CpG密集的高甲基化区域研究。
第三种是三代测序技术，采用pacbio测序仪的SMRT技术，采用的是对DNA聚合酶的工作状态进行实时监测的方法。DNA聚合酶催化荧光标记的核苷酸掺入到互补的核酸链中。核苷酸的掺入被检测成荧光脉冲，依据其颜色鉴定出核苷酸。当聚合酶切断连接在核苷酸末端的荧光基团时，脉冲终止。荧光脉冲的到达时间和持续时间产生了关于聚合酶动力学的信息，从而允许直接检测DNA模板链中的修饰核苷酸，包括N6-甲基腺嘌呤、5-甲基胞嘧啶和5-羟甲基胞嘧啶。
答：普通的测序不能找到甲基化位点。这里有几种常用的找甲基化位点的测序方法：第一种是重亚硫酸盐测序。重亚硫酸盐使DNA中未发生甲基化的胞嘧啶脱氨基转变成尿嘧啶，而甲基化的胞嘧啶保持不变，行PCR扩增(引物设计时尽量避免有CpG，以免受甲基化因素的影响)所需片段，则尿嘧啶全部转化成胸腺嘧啶。最后，...
答：普通的测序不能找到甲基化位点。这里有几种常用的找甲基化位点的测序方法:第一种是重亚硫酸盐测序。重亚硫酸盐使DNA中未发生甲基化的胞嘧啶脱氨基转变成尿嘧啶,而甲基化的胞嘧啶保持不变,行PCR扩增(引物设计时尽量避免有CpG,以免受甲基化因素的影响)所需片段,则尿嘧啶全部转化成胸腺嘧啶。最后,对PCR产物进行测序...
答：找甲基化位点也就CpG岛一般是有以下几个方法：1. MSP，亚硫酸氢盐转化后，将你想测的基因区域（如启动子区）转入细菌质粒中，进行测序（金标准）。挑克隆7/10是甲基化的克隆认为这个位点70%甲基化。大概可以测400+片段，但是问题是没有办法太精确，因为测得越多越精确，测太多太贵。2. 焦磷酸测序...
答：通过检测PCR产物，若使用处理后的甲基化DNA链引物得到扩增，说明该位点甲基化；反之，则非甲基化。亚硫酸氢盐测序法 (BSP)：同样处理DNA，设计BSP引物进行PCR，随后尿嘧啶转化为胸腺嘧啶。通过测序判断CpG位点的甲基化状态，或者通过克隆PCR产物测序以提高成功率。高分辨率熔解曲线法 (HRM)：设计针对亚硫酸...
答：方法概括起来可分为三类：基因组整体水平的甲基化检测、基因特异位点甲基化的检测和新甲基化位点的寻找 1) 基因组整体水平甲基化分析 a) 高效液相色谱柱（HPLC）及相关方法 b) SssI 甲基转移酶法 c) 免疫化学法 d) 氯乙醛法 2) 特异性位点的DNA甲基化的检测 a) 甲基化敏感性限制性内切酶(MS-...
答：如何寻找一个基因的甲基化调控位点 1. MSP，亚硫酸氢盐转化后，将你想测的基因区域（如启动子区）转入细菌质粒中 2. 焦磷酸测序，这里指的是Qiagen的PyroMark焦磷酸测序，亚硫酸氢盐转化后 3. MassARRAY平台进行甲基化检测，用的是质谱法，也是亚硫酸氢盐转化 ...
答：然后用实验证实，可以用bisulfite sequencing来比较处理前后的不同，找到甲基化位点。问：验证特定甲基化位点，并进行甲基化程度分析有哪些方法？答：采用对照组和实验组样本进行甲基化验证。(1) MSP方法：可进行特定位点甲基化验证，适用于甲基化芯片后的结果，无法进行甲基化程度分析；(2) BSP克隆测序法：...
答：通过电泳检测MSP扩增产物，如果用针对处理后甲基化DNA链的引物能得到扩增片段，则说明该位点存在甲基化；反之，说明被检测的位点不存在甲基化。2、亚硫酸氢盐测序法（Bisulfite sequencing PCR，BSP）用亚硫酸氢盐处理基因组DNA，则未发生甲基化的胞嘧啶被转化为尿嘧啶，而甲基化的胞嘧啶不变。随后设计BSP...
答：1.灵活度高能够直接对任意物种的高甲基化片段进行测序无需已知的基因组序列信息。2.检测范围广覆盖整个基因组范围的甲基化区域。3.精确度高能够在实际结合位点50个碱基范围内精确定位。4.数字化信号直接对甲基化片段进行测序和定量不存在传统芯片杂交的荧光模拟信号带来的交叉反应和背景噪音问题。
答：美国Salk生物研究院的Joseph Ecker及其团队通过高通量测序技术，首次展示了人胚胎干细胞中所有甲基胞嘧啶的详尽图谱，实现了单碱基分辨率的哺乳动物甲基化图谱，并与mRNA、小RNA以及组蛋白修饰进行了对比分析。他们的研究发现，胚胎干细胞中有约四分之一的甲基化发生在非CG位点，这暗示了不同的甲基化机制在...
