DNA甲基化检测有哪些方法？？

DNA甲基化的检测方法主要包括哪些？

去哪里找最出色的生命科学学术交流论坛？>>> 方法概括起来可分为三类：基因组整体水平的甲基化检测、基因特异位点甲基化的检测和新甲基化位点的寻找。1) 基因组整体水平甲基化分析a) 高效液相色谱柱（HPLC）及相关方法b) SssI 甲基转移酶法c) 免疫化学法d) 氯乙醛法2) 特异性位点的DNA甲基化的检测a) 甲基化敏感性限制性内切酶(MS-RE)-PCR/Southern法b) 直接测序法c) 甲基化特异性的PCR（methylation-specific PCR, MS-PCR）d) 甲基化敏感性单核苷酸引物延伸(Ms-SnuPE)e) 结合重亚硫酸盐的限制性内切酶法（combined bisulfite restriction analysis，COBRA）f) 甲基化敏感性单链构象分析（methylation-specific single-strand conformation analysis，MS-SSCA）g) 甲基化敏感性变性梯度凝胶电泳（methylation-specific denaturing gradient gel electrophoresis，MS-DGGE）h) 甲基化敏感性解链曲线分析（methylation-specific melting curve analysis，MS-MCA）i) 荧光法（Methylight）j) DNA微阵列法k) 甲基化敏感性斑点分析（methylation sensitive dot blotassay，MS-DBA）l) 甲基化特异性多连接依赖性探针扩(Methylation-Specific multiplex ligation-dependent probe amplification，MS-MLPA)3) 甲基化新位点的寻找a) 限制性标记基因组扫描（restriction landmark genomic scanning，RLGS）b) MBD（Methyl-CpG binding domain column chromatography，甲基化结合区）柱层析法c) 联合甲基化敏感性限制性内切酶的MBD（Combination of methylated-DNA precipitation and methylation-sensitive restriction enzymes，COMPARE-MS）

DNA甲基化（DNA methylation）
DNA甲基化是最早发现的修饰途径之一，大量研究表明，DNA甲基化能引起染色质结构、DNA构象、DNA稳定性及DNA与蛋白质相互作用方式的改变，从而控制基因表达。
在甲基转移酶的催化下，DNA的CG两个核苷酸的胞嘧啶被选择性地添加甲基，形成5－甲基胞嘧啶，这常见于基因的5'-CG-3'序列。大多数脊椎动物基因组DNA都有少量的甲基化胞嘧啶，主要集中在基因5’端的非编码区，并成簇存在。甲基化位点可随DNA的复制而遗传，因为DNA复制后，甲基化酶可将新合成的未甲基化的位点进行甲基化。DNA的甲基化可引起基因的失活。
DNA甲基化主要形成5－甲基胞嘧啶（5-mC）和少量的N6-甲基嘌呤（N6-mA）及7－甲基鸟嘌呤（7-mG）
结构基因含有很多CpG 结构, 2CpG 和2GPC 中两个胞嘧啶的5 位碳原子通常被甲基化, 且两个甲基集团在DNA 双链大沟中呈特定三维结构。基因组中60%～ 90% 的CpG 都被甲基化, 未甲基化的CpG 成簇地组成CpG 岛, 位于结构基因启动子的核心序列和转录起始点。有实验证明超甲基化阻遏转录的进行。DNA 甲基化可引起基因组中相应区域染色质结构变化, 使DNA 失去核酶ö限制性内切酶的切割位点, 以及DNA 酶的敏感位点, 使染色质高度螺旋化, 凝缩成团, 失去转录活性。5 位C 甲基化的胞嘧啶脱氨基生成胸腺嘧啶, 由此可能导致基因置换突变, 发生碱基错配: T2G, 如果在细胞分裂过程中不被纠正,就会诱发遗传病或癌症, 而且, 生物体甲基化的方式是稳定的, 可遗传的。
DNA 甲基转移酶有两种: 1) DNM T1, 持续性DNA 甲基转移酶—— 作用于仅有一条链甲基化的DNA 双链, 使其完全甲基化, 可参与DNA 复制双链中的新合成链的甲基化,DNM T1 可能直接与HDAC (组蛋白去乙酰基转移酶) 联合作用阻断转录; 2)DNM T3a、DNM T3b从头甲基转移酶, 它们可甲基化CpG, 使其半甲基化, 继而全甲基化。从头甲基转移酶可能参与细胞生长分化调控, 其中DNM T3b在肿瘤基因甲基化中起重要作用。
DNA 去甲基化有两种方式: 1) 被动途径: 由于核因子N F 粘附甲基化的DNA , 使粘附点附近的DNA不能被完全甲基化, 从而阻断DNM T1 的作用; 2) 主动途径: 是由去甲基酶的作用, 将甲基集团移去的过程。在DNA 甲基化阻遏基因表达的过程中, 甲基化CpG 粘附蛋白起着重要作用。虽然甲基化DNA 可直接作用于甲基化敏感转录因子E2F、CREB、A P2、CM ycöM yn、N F2KB、Cmyb、Ets, 使它们失去结合DNA 的功能从而阻断转录, 但是, 甲基化CpG 粘附分子可作用于甲基化非敏感转录因子(SP1、CTF、YY1) , 使它们失活, 从而阻断转录。人们已发现5 种带有恒定的甲基化DNA 结合域(MBD ) 的甲基化CpG 粘附蛋白。其中M ECP2、MBD1、
MBD2、MBD3 参与甲基化有关的转录阻遏;MBD1 有糖基转移酶活性, 可将T 从错配碱基对TöG 中移去,MBD4 基因的突变还与线粒体不稳定的肿瘤发生有关。在MBD2 缺陷的小鼠细胞中, 不含M ECP1 复合物, 不能有效阻止甲基化基因的表达。这表明甲基化CpG 粘附蛋白在DNA 甲基化方式的选择, 以及DNA 甲基化与组蛋白去乙酰化、染色质重组相互联系中的有重要作用。

方法概括起来可分为三类：基因组整体水平的甲基化检测、基因特异位点甲基化的检测和新甲基化位点的寻找
1) 基因组整体水平甲基化分析
a) 高效液相色谱柱（HPLC）及相关方法
b) SssI 甲基转移酶法
c) 免疫化学法
d) 氯乙醛法
2) 特异性位点的DNA甲基化的检测
a) 甲基化敏感性限制性内切酶(MS-RE)-PCR/Southern法
b) 直接测序法
c) 甲基化特异性的PCR
d) 甲基化敏感性单核苷酸引物延伸(Ms-SnuPE)
e) 结合重亚硫酸盐的限制性内切酶法（combined bisulfite restriction analysis，COBRA）
f) 甲基化敏感性单链构象分析
g) 甲基化敏感性变性梯度凝胶电泳
h) 甲基化敏感性解链曲线分析（methylation-specific melting curve analysis，MS-MCA）
i) 荧光法（Methylight）
j) DNA微阵列法
k) 甲基化敏感性斑点分析（methylation sensitive dot blotassay，MS-DBA）
l) 甲基化特异性多连接依赖性探针扩
3) 甲基化新位点的寻找
a) 限制性标记基因组扫描（restriction landmark genomic scanning，RLGS）
b) MBD（Methyl-CpG binding domain column chromatography，甲基化结合区）柱层析法
c) 联合甲基化敏感性限制性内切酶的MBD

DNA甲基化检测: Southern Blot杂交、 Bisulfite Sequencing and McrBC-PCR

MSP法、BSP-克隆测序法、HRM法检测，详细了解可以找相应的公司，据我了解 阅微基因 就有相应的技术服务，需要的话可以了解。

Septin9基因甲基化检测技术，是由德国EIP公司（Epigenomics）研发的一项基于基因靶点是否出现甲基化表达变化的肿瘤超早期液体活检技术，该技术在与欧洲多家权威医疗机构进行临床试验后，获得了欧盟CE认证，在欧洲被广泛运用到肿瘤的超早期筛查和临床诊断中。之后德国EIP公司将技术授权给美国博尔诚公司（BioChain Institute Inc.）共同开发针对结直肠癌、胃癌、肝癌、食管癌、肺癌等癌症种类的检测试剂，并且与美国德州大学MD安德森癌症中心（UT MDAndersonCancerCenter）共同进行临床试验，在美获得了美国药监局FDA认证，该项技术于2016年被列入了美国疾病预防工作委员会（USPSTF）的筛查项目指南中，作为美国40岁以上人群的常规癌症超早期筛查项目之一。2014年美国博尔诚进入中国后，在北京成立博尔诚医学检验公司，与国内几十家顶级医院进行临床合作试验，试验人群超过100万例，并于2015年8月获得国家食药监局CFDA认证，目前该项目已进入到国内多家顶级三甲医院中（北京301医院、四川省人民医院、西安西京医院、中日友好医院、中南大学湘雅医院等），被运用于癌症超早期以及早期的筛查，具有重要的临床诊断学意义。同时也是目前国内最先进的癌症早期筛查技术之一，只需10-13毫升血液就可以查出体内的肿瘤各阶段变化，对于肿瘤的早筛、早诊断、早治疗有重大的帮助和意义。

普通测序能找到甲基化位点吗
答：普通的测序不能找到甲基化位点。这里有几种常用的找甲基化位点的测序方法：第一种是重亚硫酸盐测序。重亚硫酸盐使DNA中未发生甲基化的胞嘧啶脱氨基转变成尿嘧啶，而甲基化的胞嘧啶保持不变，行PCR扩增(引物设计时尽量避免有CpG，以免受甲基化因素的影响)所需片段，则尿嘧啶全部转化成胸腺嘧啶。最后，...

谁知道测DNA甲基化的方法?
答：但是目前研究手段的局限，限制了DNA甲基化的广泛研究。近年来，研究者不断探索定性及定量检测单个或多个甲基化位点的方法，但由于甲基化多态性区域存在的密度很高，所以对于延伸反应其引物的位置很难设计。Pyrosequencing技术作为一种新的序列分析技术，能够快速地检测甲基化的频率，对样品中的甲基化位点进行...

DNA甲基化的最主流研究方法是什么
答：甲基化特异性PCR（MSP），或甲基化组测序。适用对象不一样，前者针对特定基因的甲基化水平，后者针对全基因。

ctDNA甲基化检测在肿瘤诊疗中的价值
答：与检测肿瘤特异性突变相比,ctDNA在特定基因区域的异常甲基化具有高度一致的特征,使得ctDNA甲基化检测更广泛地适用于肿瘤的诊断、监测,预测治疗反应和预后判断。因此,ctDNA甲基化检测被认为是癌症诊断和风险评估最有价值的方法之一。 循环肿瘤DNA(circulating tumor DNA,ctDNA)来源于肿瘤细胞的凋亡、坏死或分泌产生的DNA...

蛋白质甲基化检测常用方法?
答：可以通过氨基酸残基的质量变化来判断是否发生了甲基化修饰。5、甲基化特异性PCR（MSP）：利用特异性引物扩增甲基化或非甲基化的DNA序列，结合凝胶电泳分析来判断目标基因是否发生了甲基化。蛋白质甲基化 这些方法可以单独或联合使用，根据实验目的和样品类型的不同选择合适的方法进行蛋白质甲基化检测。

简化甲基化测序和甲基化测序的区别
答：目前表观遗传学DNA甲基化研究测序方法常见的有:全基因组重亚硫酸盐甲基化测序[WGBS]、精准DNA甲基化和羟甲基化测序[oxBS-seq]、优化版简化甲基化测序[RRBS/dRRBS/XRBS]、单/微量细胞全基因组甲基化测序[scWGBS]、扩增子(羟)甲基化测序、(羟)甲基化DNA免疫共沉淀测序[(h)MeDIP-seq]等6种,适用于不同DNA...

[甲基化问题锦集]
答：首先，甲基化位点的筛选，可以使用全基因组Bisulfite测序（WGBS）、简化基因组甲基化测序（MethylRAD技术）或者甲基化芯片进行基因组整体水平甲基化检测，每种方法各有利弊，要根据实际的研究方向选择不同的方法。对于样品间差异甲基化位点的筛选，可以采用WGBS和MethylRAD技术，其中MethylRAD技术可以应用于无参考...

DNA甲基化数据分析全流程
答：2021-01-01 更新 和RNA-seq前期流程类似 -- 质控、去接头、比对参考基因组、排序 后期就是要提取甲基化位点，包括CpG、CHG、CHH三种context，H代表非G位点（A、C、T）。得到bedgraph文件后将个样本汇总为一个GR ( GenomicRanges )文件，便于后续分析 更多信息需要你自己查看帮助文档和 FastQC 官方...

a与t之间有几个氢键
答：然后通过抗体或其他捕获分子捕获杂交产物。接下来，通过对捕获分子进行测序，可以获得目标DNA的序列信息。5、甲基化测序：甲基化是指在DNA分子上添加甲基基团的过程，它可以导致基因表达的调控。甲基化测序是一种检测DNA甲基化状态的方法，可以通过分析甲基化程度的改变来研究基因功能和发育过程。

什么是表观遗传学,简述其研究进展
答：它是与经典遗传学相对应的概念。人们认为，基因组含有两类遗传信息，一类为传统意义上的遗传信息，即基因组DNA序列所提供的遗传信息，另一类则是表观遗传学信息，即基因组DNA的修饰，它提供了何时、何地、以何种方式去应用DNA遗传信息的指令。