用PCR做基因克隆，如何判断酶切效果好坏

首先需要知道是双酶切还是单酶切

1、单酶切

一般这种情况会根据实际大小进行判断，对于质粒来讲，有三种情况，线性质粒、超螺旋、开环结构三种，其在琼脂糖凝胶重的大小是不一样的，大小顺序，从上往下看：

开环>线性>超螺旋。

一般单酶切之后，此时的情况类似于开环结构，显示的是整个质粒的全长，此时对于maker去比对即可。

2、双酶切位点情况

这类情况被双酶切之后，产物里面有两个片段分布，一个大片段，一个小片段，从琼脂糖凝胶电泳中看，前为小片段，后为大片段。

我们再根据目的片段和质粒的实际长度对比切割后各自的长度得到我们的目的片段分布位置即可。

右侧两个为质粒对照

注意事项：

1、注意调整切割时间，尽量切割完全。

2、电泳时设置对照实验。

3、注意单酶切和双酶切位点的区分。