分子生物学对细菌分类学的重要性

kuaidi.ping-jia.net  作者:佚名   更新日期:2024-08-24
哪些分子生物学技术被用于对细菌的分类,鉴定

DNA-DNA杂交,该技术被认为是细菌分类和鉴定的“黄金法则”,主要方法如下:标记法、吸光度法、荧光强度法等。
16SrRNA法:细菌核糖体的RNA有三种类型,(23S、16S、5S)rRNA,其中16S被认为作为生物系统发育和分类指标最为合适。
细菌核心基因(看家基因),包括gyrB、rpoB、groEL、recN等。

传统微生物鉴定和分类技术主要是依据微生物细胞形态与生活习性等进行比较从而确定其分类地位的,这些方法存在一定误差,因为即使是同一种微生物,其形态及生理生化性状等都可能存在一定的差异,很难准确鉴定。目前分子生物学技术发展迅速,通过对微生物基于核酸水平的研究,从而对其进行鉴定和分类,其简便、快速、高效、可靠的特点,是传统微生物鉴定和分类方法所达不到的,其鉴定结果更具有说服力。目前利用分子生物学技术进行微生物鉴定和分类的常用方法主要有:DNA(G+C)mol%值、核酸杂交、核酸序列分析以及DNA分子标记等。

我们知道,生物的多样性决定了我们对生物必须鉴定和分类。我们所看到的各种动物猫、狗、猪等及各种植物玉米、大豆、水稻等似乎很好识别,但如果涉及到罕见的生物,那么想知道这种生物究竟属于我们所知道哪类生物时,就比较难了,如果是未知生物,就想知道它的亲缘关系,这就是生物分类学。分类就是根据生物的相似和相互关系确定它的分类位置。分类学的历史追溯到公元前384~322——亚里士多德时代,他的著作《动物历史》中有很多关于分类的论述。但是,真正的生物分类学之父应该是卡尔.林奈(Carl.Linnaeus,1707-1778)他提出的双名制命名生物现在被生物学界普遍使用,他的著作《自然系统》对现代生物分类学发展起了很重要的作用。达尔文的《物种起源》对现代生物分类学发展起着更为重要作用,达尔文根据地质学化石记录得出生物进化的论点,进而提出生物有共同祖先的学说。无论是亚里士多德的《动物历史》、林奈的《自然系统》还是达尔文的《物种起源》,所研究的生物分类都是高等动植物,这些生物具有复杂的形态结构,根据比较胚胎学、比较解剖学和化石等证据就可以研究,但是细菌分类学研究就落后很多,尽管细菌是地球上最古老的生物,它们已经生存了30多亿年,最早由1683年荷兰科学家列文胡克发明了显微镜,才第一次“看”到了它们,直到1829年,丹麦细菌学家革兰发明染色方法,开始了细菌的分类研究。细菌的形态结构简单又缺少化石记录,这就是细菌分类学起步较晚的原因,另外,直到18世纪末,德国科学家科赫找到了分纯细菌的方法,在这基础上才能对细菌进行鉴定和分类。

最早研究细菌分类的是Orla-Jensen[1],1909年他提出,甲烷氧化细菌是所有细菌的祖先,因为地球早期没有有机物存在最先产生的细菌必定是自养菌,甲烷比其它物质更容易氧化,Kluyver和Van Niel[1]在1936年提出,球菌是最原始的细菌,因为球菌的形态学最简单,球菌的融合就形成杆菌,弧菌来自杆菌,螺旋菌来自弧菌等,这些研究是猜测性的,没有实验依据,随着人们对DNA分子认识及分子生物学技术的不断发展,人们认识到虽然细菌缺少化石记录,但细菌细胞内含的遗传物质DNA和RNA就记录着细菌演化的历史,尽管进化过程中会有基因突变,使基因组发生变化不同于原始的基因,但这种变化是缓慢的,基因组原始状态的遗迹依然存在。如果比较二种细菌的核苷酸,它们的序列很相似的,这就是说这二种细菌有很近的亲缘关系,同样,核苷酸的表达产物蛋白质分析对于细菌分类也是十分重要,体现在细菌的行为功能上,如细菌染色性,细菌鞭毛[2],细菌对各种糖的利用情况,这些表型特征对于细菌分类同等重要。这就是多相分类,最先由Colwell[3]提出,多相分类包括表型、基因型、系统发育信息。

任何细胞要保持生命活动,必须不断合成蛋白质,合成蛋白质的器官就是核糖体。核糖体由蛋白质和核酸组成,分为大,小两个亚基,组成核糖体的核酸就是rRNA,rRNA约占细菌RNA总量的80%,存在于所有的细菌中,原核生物rRNA分为5SrRNA、16SrRNA、23rRNA,它们位于同一操纵子上,rRNA分子在长期进化中具有保守性,核苷酸序列变化较缓慢,应该是细菌系统分类发育标记分子(phylogenetic markers)。

自上世纪60年代开始,通过测定细菌DNA和rRNA进行细菌系统分类,主要方法简述如下:

一、DNA G­­­­­­­­­+Cmol% GC含量差异即可确定DNA的不同,常用3种方法

浮力密度法[4],熔解温度(Tm)法[5],高压液相色谱法[6],如果二种菌的G­­­­­­­­­+Cmol%有显著差异,就可以判定属于不同种,但是G­­­­­­­­­+Cmol%相同也不能判断属于同一个种,因此,G­­­­­­­­­+Cmol%只具有否定价值。

二、DNA-DNA杂交

由于G­­­­­­­­­+Cmol%测定不能判定细菌的亲缘关系,DNA-DNA杂交技术就弥补了G­­­­­­­­­+Cmol%的缺陷,它可以反应细菌菌种间的DNA序列相似性程度,即细菌的DNA同源性。根据测定结果杂交率进行细菌分类,测定方法通常分为滤膜分子杂交方法[7,8]和复性速率方法[9,10],膜分子杂交方法将DNA固定于支持物滤膜上,属于固相杂交,而复性速率法在溶液中进行,属于液相杂交,复性速率法比膜杂交方法重复性好,但这二种方法都受杂交温度、离子浓度、DNA浓度、DNA片断大小和杂交时间影响,操作复杂、可靠性差、操作时间长,因此又发展了微孔板方法[11,12],DNA分子杂交方法可以认为是基因鉴别同一菌种的金标准,如果杂交率大于70%就判定是同一种菌种。

三、DNA-rRNA杂交

研究表明,细菌rRNA保守性比整个基因组保守性大,于是建立了DNA-rRNA杂交技术[13,14,15],该技术通常使用膜杂交技术和液相杂交技术,由于该技术操作复杂、费时,并且在细菌分类上其应用价值没有测定rRNA序列有意义,所以该技术没有被广泛应用。

四、rRNA寡苷酸测序技术

上世纪70年代,Carl Woese 等人[16,17]开始对细菌16SrRNA测序的研究,他们首先比较了原核生物16SrRNA寡核酸序列,进行细菌分类[18,19],于是提出将生物界划分为三界:古细菌界(Archaebacteria),真细菌界(Eubacteria)和真核生物界(Eukaryotes),从而动摇了生物界由原核生物和真核生物组成的观念。1981年,Woese对细菌16SrRNA测定的寡序列进行了总结[20],提出了一个生命进化树(图1),Woese 推测所有生物均由一个共同祖先Progenote进化。由于16SrRNA测序对于细菌分类有重要意义,新发现的菌种必须测定16SrRNA序列,我国学者谷海瀛发现的有医学价值的二种新菌[21,22]也进行了16SrRNA寡序列测定。

五、rRNA全序列分析法

由于PCR技术发展,测定16rRNA全序列变得更为容易,已有商品试剂盒出售,取代了寡核苷酸测序,使细菌系统分类更为完善了。1987年,Woses[23]根据细菌16SrRNA全序列结果提出更为精确的系统发育无根树,但是16SrRNA序列分析也有其局限性,从单一分子序列推测整个生物界的系统进化容易产生误差[24],并且16SrRNA序列同源性更适用于属以上分类单元,对于属以下分类单元分辨率明显低[25]。

六、16S-23SrRNA间区

前面已论述,16SrRNA序列测定已成为细菌种属分类标准方法,但有其局限性,23SrRNA分子比较大(约3Kb),尚未在细菌的分类和鉴定中得到广泛应用,16S-23SrRNA间区(Intergenic Spacer Region,ISR)比16SrRNA相对变异大,因此,对于相近种及菌株的分类和鉴定应用16S-23SrRNA ISR 已广泛开展[26,27],16S-23SrRNA ISR序列测定弥补了16SrRNA序列的缺陷,但有些菌株不能进行分型,要想广泛应用这一技术,需要建立更多菌株的16S-23SrRNA序列库,以便对比研究。

七、其他进化同源基因的测定

在真核生物中,尤其是动物界,生物大分子血红蛋白,细胞色素C等早已被用来研究进化的历史,由于功能保守,它的基因称为进化同源基因(Orthologues).系统进化研究应用广泛的同源基因有热激蛋白(Heat shock protein)基因、Rnase P RNA基因(RnpB).gyrB等。

1.热激蛋白主要是HSP60又称伴侣蛋白chaperonin,分为Cpn60,60-65KD抗原,细菌共同抗原系,许多细菌分子伴侣基因序列已被测定,利用分子伴侣进行系统进化已取得很大进展[28]。

2.RnpB:核酶(Ribozymes)是具有酶活性的RNA分子。RNase P 是核糖核蛋白复合体,不同种细菌RNase P RNA基因序列变化很大。Herrmann等人[29] 利用RnpB基因序列对衣原体3个种进行了鉴定,认为其序列的不同可作为衣原体种区分的标记。

3.gyrB:gyrB是促旋酶B亚单位的基因,Hiroaki等[30] 对分枝杆菌gyrB序列分析认为gyrB 序列比16SrRNA序列更好的区分相似种。日本已建立关于gyrB序列数据库,Suzuki等人[31]研究了海洋细菌gyrB基因序列认为种的水平上使用gyrB序列要优于16SrRNA序列,Dauga[32]比较了肠杆菌科不同属细菌的16SrRNA和gyrB序列。16SrRNA适用于较远的亲缘关系,而gyrB比较适用于种间或属间关系的比较。Tacao等人[33]比较了气单胞菌属16SrRNA和gyrB基因序列,gyrB序列很好地区别气单胞属内的菌种。

综上所述,尽管分子生物学技术发展日新月异,我们对生命理解更加深刻,但生命有无共同祖先尚无答案。Woese 提出的生命三界论已被普遍接受,但这三者进化关系如何?是否存在更可靠的进化分子时钟能够构建普适有根的系统发育树?尚不可知。在细菌学分类中,表型鉴定和分子生物学鉴定综合分析才能得出更为可靠的结论,但有时二者分类系统得出的结果是不一致的,无法统一,目前学术界尚不能解决这个问题,尤其对于分子生物学鉴定实验尚不能在临床实验室普遍开展,有待于进一步研究探索。

你到这里来问可是走错地方了。谁可能给你弄一篇4000字的综述出来?偷懒也不是这么偷的。建议去vip和CNKI上找几篇中文的这方面的综述,剪切粘贴就OK。另,还是建议楼主花点精力在分生上,以后发文章不做分生怎么发高影响因子的阿?

  • 分子生物学对细菌分类学的重要性
    答:如果比较二种细菌的核苷酸,它们的序列很相似的,这就是说这二种细菌有很近的亲缘关系,同样,核苷酸的表达产物蛋白质分析对于细菌分类也是十分重要,体现在细菌的行为功能上,如细菌染色性,细菌鞭毛[2],细菌对各种糖的利用情况,这些表型特征对于细菌分类同等重要。这就是多相分类,最先由Colwell[3]提出,多相分类包括表型...
  • 哪些分子生物学技术被用于对细菌的分类,鉴定
    答:DNA-DNA杂交技术是细菌分类和鉴定的重要方法,被誉为分类的“黄金法则”。该技术通过标记法、吸光度法和荧光强度法等手段进行。16S rRNA基因序列分析是细菌分类的另一个关键工具,因为16S rRNA被认为是最适合作为生物系统发育和分类的指标之一。此外,细菌的核心基因,如gyrB、rpoB、groEL和recN等,也被广...
  • 分子生物学技术在细菌检验中的应用
    答:1.dna-dna杂交,该技术被认为是细菌分类和鉴定的“黄金法则”,主要方法如下:标记法、吸光度法、荧光强度法等。2.16srrna法:细菌核糖体的rna有三种类型,(23s、16s、5s)rrna,其中16s被认为作为生物系统发育和分类指标最为合适。3.细菌核心基因(看家基因),包括gyrb、rpob、groel、recn等。
  • 怎么理解传统生物学与分子生物学在分类中的应用
    答:传统微生物鉴定和分类技术主要是依据微生物细胞形态与生活习性等进行比较从而确定其分类地位的,这些方法存在一定误差,因为即使是同一种微生物,其形态及生理生化性状等都可能存在一定的差异,很难准确鉴定。目前分子生物学技术发展迅速,通过对微生物基于核酸水平的研究,从而对其进行鉴定和分类,其简便、快速、高效...
  • 细菌鉴定的意义
    答:从基础研究角度而言,可能发现新菌属细菌(主要是16SrRNA分子鉴定),对细菌分类学有重要意义;从功能角度讲,可能发现有“特异功能”的细菌,可能具有实际应用价值,如青霉菌的发现导致了青霉素的大批量生产和应用,曾为为重病患者带来了福音;另外,通过细菌形态学鉴定、生理生化鉴定和分子生物学鉴定,可以...
  • 细菌的分类有哪些种类?
    答:细菌的分类方法多样,主要依据包括形态特征、细胞壁结构、致病性以及分子生物学特性等。按照形态,细菌可以分为球菌、杆菌和螺旋菌三大类。球菌进一步细分为单球菌、双球菌、链球菌、四联球菌、八叠球菌和葡萄球菌等;杆菌包括球杆菌、链杆菌、竹节杆菌、双歧杆菌、粗大杆菌、细小杆菌和棒状杆菌等;螺旋菌则包括...
  • 细菌鉴定的传统方法与分子生物学法的比较
    答:细菌传统鉴定是指形态观察、生理生化测定等,复杂,但较准确。分子生物学常用的是16SrDNA鉴定,这个只能坚定到属,要坚定到种还是得做生理生化实验,这是经典的分类方法,比较方便快捷的是先16S鉴定大概确定下,然后用生理生化确定微生物种的分类。
  • 分子生物学的建立有何意义
    答:分子生物学的成就说明:生命活动的根本规律在形形色色的生物体中都是统一的。分子生物学在生物工程技术中起了巨大的作用,分子生物学将为人类最终征服不治之症做出重要的贡献。
  • 哪些分子生物学技术被用于对细菌的分类,鉴定
    答:1. 1. 1凝集试验 目前常用的是葡萄球菌协同凝集试验(SPA - CoA) ,金黄色葡萄球菌细胞壁的A 蛋白(SPA) 能与动物血清中IgG的Fc 结合,成为致敏的颗粒载体,特异性IgG的Fc 与SPA 结合后, F (ab’) 2 段暴露在葡萄球菌表面,与相应细菌反应呈现凝集现象,此法用于细菌快速鉴定和分型。1. 1. 2免疫...
  • 解释物种概念,说明现代动物学研究中分子分类的作用?
    答:①生物化学和生物物理学是用化学的和物理学的方法研究在分子水平,细胞水平,整体水平乃至群体水平等不同层次上的生物学问题。而分子生物学则着重在分子(包括多分子体系)水平上研究生命活动的普遍规律;②在分子水平上,分子生物学着重研究的是大分子,主要是蛋白质,核酸,脂质体系以及部分多糖及其复合...