帮帮忙，帮我把已经弄的好的基因序列用什么什么生物软件分析一下，我研究的是螺原体。
Survey of crustaceans in China's commodities in the body of the pathogen of the existence of the screw, collect in jiangsu province in China each place the cloth with soft nap of the original body screw crab chelating agent resources, fast identification of the screw of the relationship between the original body. Through different regional genomic DNA extracted and a lot of the genome amplification, agarose gel electrophoresis and map channel analysis, and then, a genome sequence to detailed understanding of the determination of the screw the genomes of body features. As in the soft film body outline microorganisms TGA anticodon coding, not terminated for tryptophan password, therefore in the son e. coli express some soft film body outline the whole length of the microbial protein some difficulty, need to TGA sites for TGG point mutations, so use and spiral protein similar Hpr protein and PtsH protein to molecular cloning, including the preparation of the culture medium, LB plasmid conversion, connection and enzyme cut, restructuring of the plasmid transformation, positive cloning identification and sequence analysis, and can continue to further research of the original body disease prevention and control of the screw methods, to improve the economic benefit of aquatic animals.
是支原体感染，治疗根据你做的药敏试验用药较好，吊瓶还是要打的，口服治疗效果不好，建议拿着医生的处方到药店买药，同样的药会节约不少钱的。
支原体是一类缺乏细胞壁的原核细胞型微生物，大小一般在0.3-0.5um之间，呈高度多形性，有球形、杆形、丝状、分枝状等多种形态。它不同于细胞，也不同于病毒。支原体用普通染色法不易着色，用姬姆萨染色很浅，革兰染色为阴性。支原体可在鸡胚绒毛尿囊膜上或细胞培养中生长，营养要求比细菌高。支原体的种类繁多、分布广泛、造成的危害相当大，涉及人、动物、植物及昆虫等多个领域，给人类健康和科研工作带来不利影响。
从人体分离的16种支原体中，5种对人有致病性，即肺炎支原体（M.pneumoniae）、解脲支原体（Ureaplasma urealyticum）、人型支原体（M.homins）、生殖支原体（M.genitalium）及发酵支原体（M.fermentans）。
从动物体内分离并鉴定出了几十种支原体，仅少部分引起不同程度的疾病，能造成严重危害的有四种，即：丝状支原体丝状亚种、鸡毒支原体、猪肺炎支原体和丝状支原体山羊亚种。支原体广泛分布于植物与昆虫中，引起植物和昆虫病害的支原体有植原体和螺原体两大类。
支原体感染
致病支原体中，肺炎支原体起肺炎，人型支原体、解脲支原体和生殖器支原体主要泌尿生殖道感染。支原体肺炎又称原发性非典型肺炎，支原体肺炎全年均可发病，以冬季多见，可有小流行。支原体脑炎是学龄前儿童及青年人常见的一种肺炎，支原体肺炎主要通过飞沫传播，潜伏期较长，可达2～3周。支原体肺炎虽然病程较长，肺部病变较重，炎症吸收较慢，但绝大多数预后都是良好的，合并症亦少。生殖器支原体感染是近年新明确的一种性接触传播疾病。成人主要通过性接触传播，新生儿则由母亲生殖道分娩时感染。成人男性的感染部位在尿道粘膜，女性感染部位在宫颈。新生儿主要引起结膜炎和肺炎。
支原体的实验诊断
支原体实验室检测方法有：形态学检查、支原体培养、抗原检测、血清学方法和分子生物学方法。
解脲支原体MB抗原的研究表明：MB抗原是解脲支原体感染时被识别的主要外膜抗原，具有种特异性，包含血清特异的和交叉反应的抗原决定簇。编码MB抗原的基因长1200多个碱基、N端1/3为保守区，包含群特异的抗原决定簇：C端2/3是由重复序列组成的可变区，包含型特异的抗原决定簇，对该抗原的研究及对于研究疾病的发病机制和免疫机制起重要作用。MB抗原位于解脲支原体膜的表面，N端固定于膜上使C端重复区暴露于微生物周围的微环境。N端可以作为其分群分型的基础，C端最可能首先与宿主的防御系统相遇而引起主要的抗体反应，是理解它的发病机制和免疫机制的基础。MB抗原与疾病的关系，以及它在疾病中的作用还有待进一步探讨。
测定支原体抗体的血清学试验方法中，有支原体特异性血清学检测和非特异性血清学检测：支原体特异性血清学检测方法中，最常用的是补体结合试验，另有间接免疫荧光染色检查法、生长抑制试验、代谢抑制试验、间接血凝试验、酶免疫法和酶联免疫吸附试验（ELISA）等。支原体的非特异血清学方法有肺炎支原体冷凝集试验与MG链球菌凝集试验，对支原体肺炎能起辅助诊断的作用。检测特异性抗体IgG的方法尚不能达到早期快速诊断的目的，抗原的检测为今后研究的发展方向。目前已有用酶联免疫吸附试验、荧光标记抗体、肺炎支原体膜蛋白单克隆抗体和反向间接血凝法直接检测分泌物和体液中支原体抗原的报道，具有很高的特异度和灵敏度。人体感染肺炎支原体后,能产生特异性IgM和IgG类抗体。IgM类抗体出现早，一般在感染后1周出现，3～4周达高峰，以后逐渐降低。由于肺炎支原体感染的潜伏期为2～3周，当患者出现症状而就诊时，IgM抗体已达到相当高的水平，因此IgM抗体阳性可作为急性期感染的诊断指标。如IgM抗体阴性，则不能否定肺炎支原体感染, 需检测IgG抗体。IgG较IgM出现晚，需动态观察，如显著升高提示近期感染，显著降低说明处于感染后期。由此提示IgG与IgM同时测定，可提高诊断率，达到指导用药、提高疗效之目的。Savyon公司提供支原体IgM、IgG和IgA抗体ELISA检测试剂盒。
支原体分子生物学检测方法有基因探针和聚合酶链反应（PCR）等方法。基因探针的核酸杂交法，虽然敏感性和特异性都很高，但基因探针常用同位素标记，放射性危害大，设备要求高且繁琐难以推广，近年来发展的PCR技术，使得支原体检测变得简便、快速、敏感、特异，为支原体的检测和实验研究开辟了一个广阔的前景。
tu1血清标本中的MP抗体与板上包被的MP抗原结合
tu2抗人IgG／IgM/IgA-HRP和板上的抗原抗体复合物结合
tu3加入的底物被酶分解的产物的颜色深度与标本中抗体的浓度成正比
SeroMP支原体ELISA试剂盒
本试剂盒是检测支原体肺炎的第三代产品，它通过ELISA法在酶标板上完成人血清的IgM、IgG和IgA抗体检测。沙眼衣原体感染的诊断方法有细胞培养、直接抗原检测、分子生物学和血清学方法。直接抗原检测法中获取标本（在感染部位取材）较困难，所得结果可靠性也不强。而本试剂盒采用的血清学检测以血清为标本，可检测各个部位和各个时期的肺炎衣原体感染，并且某一类型的抗体象征疾病处于一定发展阶段。
细胞培养支原体感染
细胞培养（特别是传代细胞）被支原体污染是个世界性问题。国内外研究表明，95％以上是以下四种支原体：口腔支原体（M.orale）、精氨酸支原体（M.arginini）、猪鼻支原体（M.hyorhinis）和莱氏无胆甾原体（A.laidlawii），为牛源性。以上是最常见的污染细胞培养的支原体菌群，但能够污染细胞的支原体种类是很多的，国外调查证明，大约有二十多种支原体能污染细胞，有的细胞株可以同时污染两种以上的支原体。
支原体污染的来源包括工作环境的污染、操作者本身的污染（一些支原体在人体是正常菌群）、培养基的污染、污染支原体的细胞造成的交叉污染、实验器材带来的污染和用来制备细胞的原始组织或器官的污染。
组织细胞培养工作中，主要从以下几个方面来预防支原体的污染：控制环境污染；严格实验操作；细胞培养基和器材要保证无菌；在细胞培养基中加入适量的抗生素。支原体污染细胞后，特别是重要的细胞株，有必要清除支原体，常用方法有抗生素处理、抗血清处理、抗生素加抗血清和补体联合处理。支原体最突出的结构特征是没有细胞壁，一般来讲，对作用于细胞壁生物合成的抗生素，如 -内酰胺类、万古霉素等完全不敏感；对多粘菌素（polymycin）、利福平、磺胺药物普遍耐药。对支原体最有抑制活性及常用于支原体感染治疗的抗生素是四环素类、大环内酯类及一些氟喹诺酮；其他类抗生素如氨基糖苷类、氯霉素对支原体有较小抑制作用，所以常不用来作为支原体感染的化学治疗剂。InvivoGen公司研究开发的新一代支原体抗生素M-Plasmocin能有效地杀灭支原体，不影响细胞本身的代谢，并且用M-Plasmocin处理过的培养细胞，不会重新感染支原体。
Molecular Weight 34525.35 Daltons
316 Amino Acids
29 Strongly Basic(+) Amino Acids (K,R)
29 Strongly Acidic(-) Amino Acids (D,E)
113 Hydrophobic Amino Acids (A,I,L,F,W,V)
115 Polar Amino Acids (N,C,Q,S,T,Y)
7.374 Isolectric Point
0.688 Charge at PH 7.0
Total number of bases translated is 966
% A = 37.78 [365]
% G = 15.63 [151]
% T = 30.54 [295]
% C = 16.05 [155]
% Ambiguous = 0.00 [0]
% A+T = 68.32 [660]
% C+G = 31.68 [306]
BASE COUNT 365 a 155 c 151 g 295 t
Davis,Botstein,Roth Melting Temp C. 77.37
Wallace Temp C 2544.00
Codon usage:
gca Ala(A) 7 # cag Gln(Q) 2 # uug Leu(L) 5 # uaa Ter(.) 1
gcc Ala(A) 2 # --- Gln(Q) 18 # --- Leu(L) 27 # uag Ter(.) 0
gcg Ala(A) 2 # gaa Glu(E) 10 # aaa Lys(K) 22 # uga Ter(.) 5
gcu Ala(A) 8 # gag Glu(E) 2 # aag Lys(K) 4 # --- Ter(.) 6
--- Ala(A) 19 # --- Glu(E) 12 # --- Lys(K) 26 # aca Thr(T) 12
aga Arg(R) 0 # gga Gly(G) 6 # aug Met(M) 1 # acc Thr(T) 9
agg Arg(R) 0 # ggc Gly(G) 0 # --- Met(M) 1 # acg Thr(T) 3
cga Arg(R) 0 # ggg Gly(G) 3 # uuc Phe(F) 1 # acu Thr(T) 13
cgc Arg(R) 1 # ggu Gly(G) 4 # uuu Phe(F) 8 # --- Thr(T) 37
cgg Arg(R) 0 # --- Gly(G) 13 # --- Phe(F) 9 # ugg Trp(W) 0
cgu Arg(R) 2 # cac His(H) 0 # cca Pro(P) 4 # --- Trp(W) 0
--- Arg(R) 3 # cau His(H) 5 # ccc Pro(P) 3 # uac Tyr(Y) 0
aac Asn(N) 5 # --- His(H) 5 # ccg Pro(P) 3 # uau Tyr(Y) 8
aau Asn(N) 20 # aua Ile(I) 5 # ccu Pro(P) 1 # --- Tyr(Y) 8
--- Asn(N) 25 # auc Ile(I) 5 # --- Pro(P) 11 # gua Val(V) 7
gac Asp(D) 2 # auu Ile(I) 26 # agc Ser(S) 3 # guc Val(V) 1
gau Asp(D) 15 # --- Ile(I) 36 # agu Ser(S) 12 # gug Val(V) 2
--- Asp(D) 17 # cua Leu(L) 2 # uca Ser(S) 2 # guu Val(V) 12
ugc Cys(C) 0 # cuc Leu(L) 0 # ucc Ser(S) 1 # --- Val(V) 22
ugu Cys(C) 2 # cug Leu(L) 1 # ucg Ser(S) 2 # nnn ???(X) 0
--- Cys(C) 2 # cuu Leu(L) 5 # ucu Ser(S) 5 # TOTAL 322
caa Gln(Q) 16 # uua Leu(L) 14 # --- Ser(S) 25 #
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Created: Wednesday, May 18, 2011 05:12 PM
推荐用bowtie，也可以上NCBI去检索一下，用blast或者genbank。自己弄弄就会用了，其余的无法代劳了。
答：要分析成什么样子啊？Molecular Weight 34525.35 Daltons 316 Amino Acids 29 Strongly Basic(+) Amino Acids (K,R)29 Strongly Acidic(-) Amino Acids (D,E)113 Hydrophobic Amino Acids (A,I,L,F,W,V)115 Polar Amino Acids (N,C,Q,S,T,Y)7.374 Isolectric Point 0.688 Charge at ...
答：首先你需要一个能够对序列进行编辑的软件（比如Mac系统的MacGDE、WIndows的BioEdit、Mega、Genuis、ClusterX等）对整个数据库排序（Alignment），就是把相似的位点放到一起去。同时你要决定构建树用的方法，一般来说用Maximum Likelihood（Paup）、Bayesian（Mr Bayes），不过在此之前先用Neibour-Joining（快速...
答：首先，在网上获取基因序列不是说在百度谷歌什么的去获得，是要进专业的网站的。一般用的都是NCBI的GenBank，当然日本的 DNA Data Bank和欧洲的EMBL也都可以，它们三个地方数据是共享的。进入NCBI后，在NCBI上搜索你要的这个基因（英文名称），然后会出来一系列结果，选择你所需要的那个结果，选择进去后...
答：1，根据已知序列，设计好上下游引物，引物根据你目标质粒的特点设计上下游酶切位点。2，找EGF高表达的细胞，因为是人的EGF，不太容易直接取EGF高表达的器官或组织，但很容易找到有EGF高表达的细胞系。养细胞，提RNA。3，以你提的RNA为模板，用PCR仪做逆转录PCR，产物为GEF编码区DNA片段。4，限制酶...
答：我想你可以从三个方面去找原因：1. 基因组的提取是不是真的没有错误。2. 引物的设计是不是正确，如果是选在两个外选子之间，那样会有特异的序列（外显子和内含子连接处序列有特异性）3 PCR程序有没有优化，如果前面两点都没问题，那么你可以考虑做一下优化。前面100bp一般都会是引物二聚体，你...
答：ncbi的blast功能 可以在水稻基因组里blast 进入水稻基因组 把你的序列贴进去 然后blast 就可以到库里找和你的序列相似的序列了 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/Blast.cgi
答：1.糯性与非糯性基因不位于10对同源染色体上，因为1758:586满足3:1的孟德尔单基因的遗传定律，是正常单基因遗传所表现出来的特点。2.首先糯性纯合体中，如果糯性基因位于10号同源染色体上，它的性细胞会有两种，一种是没有糯性基因，一种有一个糯性基因，不管哪一种和显性非糯性的正常性细胞结合，...
答：基因频率来计算，配子只出现三种，分别是3/4×1/2 Ab、3/4×1/2 ab和1/4 aB，Ab与aB结合的概率为3/8×1/4 = 3/32。哪种方法好，我觉得这里用第一种好一些。但要说通用性的话，当然是第二种。不过高中阶段一般在正式考试中很少出第二种方法的考核题目。
答：10bp的基因很难找到，因为碱基不过ATCG四种10个bp的组合就等于4的十次方，这个数在基因组中微乎其微，重复的序列可能很多，尤其是赶上高拷贝段的时候，不过如果你这10bp十分特异还是有希望的。把你的序列拿到NCBI上blast看看有没有结果，如果有的话NCBI上就能提供其在基因组中的位置，以及其周围的基因...
答：你上NCBI，查找gene--GAPDH，选择物种Rattus norvegicus （大鼠的种属名），然后就有搜索结果了，你点进去，可以看到上面有DNA序列，下面有mRNA序列。然后你就把两个序列拉下来，找到剪接的地方，前引物设计在上一个外显子处，后引物设计在下一个外显子处，设计条件符合RT要求就好。
