视频12：甲基化测序
kuaidi.ping-jia.net 作者：佚名 更新日期：2024-07-31
视频12：甲基化测序
DNA的甲基化是在DNA的序列不变的条件下，在其中某些碱基上加上甲基的这样一个过程。
一般是使甲基化位点的下游的基因表达量变少
甲基化和差甲化的C碱基都不能被转化成U碱基
氧化
用高钌酸钾氧化的方法来氧化羟甲基化的C，其转化效率是94%左右。
用糖基把羟甲基化的C给保护起来。然后用TET蛋白（Ten-eleven translocation methylcytosine dioxygenase 1），把甲基化的C转化成羟基化的C
92%的羟甲基化的C得到了糖基的保护，还保持了C
因为亚硫酸氢盐处理过后，绝大部分的C都被转化成了T。这样，测出来的序列在和基因组进行对比的时侯，直接对比是对比不上的。为了要进行比对，就要把基因组的碱基做两种转变。
把基因组上所有的C都改到T，再来和测序测到的序列来对比。这样，就可以把原来的链给对比上。
把基因组上所有的G都变成A，这样才能和经过PCR得到的原样本链睥互补链对比得上。这样做的原因，是原样本链的互被链，它上面绝大部分的G，都被变成了A。所以，只有把（参考）基因组上的G，也都改成A，这样才能对比得上。比对上之后，再来看哪些碱基是没有被转化的。这样，就可以确认这些碱基的甲基化修饰情况了。
亚硫酸氢盐对未甲基化的C的转化效率并不是100%，一般是在99%左右。
转化实验当中加入内参对照品。一般情况下，是用甲基化酶缺陷型的大肠杆菌，所生产出来的完全没有被甲基化的λ（噬菌体）DNA，或者pUC19（质粒）DNA做内参。来看一次实验当中C的转化效率。一般情况下，实验当中是加入1%的完全没有甲基化的λ DNA做内参。
通过用甲基化酶处理过的，CpG岛完全被甲基化的DNA，来跟踪甲基化DNA对亚硫酸氢盐转化的抵抗效果。
这个方向停止更新20200413
因为对于现阶段的我帮助不是很大，还有很多重要的事情去做，除非以后有闲暇时间再来续更。资料都是借鉴了很多其他人的资料。
视频12:甲基化测序
答：转化实验当中加入内参对照品。一般情况下，是用甲基化酶缺陷型的大肠杆菌，所生产出来的完全没有被甲基化的λ（噬菌体）DNA，或者pUC19（质粒）DNA做内参。来看一次实验当中C的转化效率。一般情况下，实验当中是加入1%的完全没有甲基化的λ DNA做内参。通过用甲基化酶处理过的，CpG岛完全被甲基化的DNA...
甲基化测序
答： WGBS全称Whole Genome Bisulfite Seuqneicng： 即全基因组重亚硫酸盐测序。该方法通过Bisulfite处理，将原基因组中未发生甲基化的C碱基转换成U的同时，保留所有甲基化C的碱基不发生转变，从而帮助科研人员识别发生甲基化的CpG位点...
干货| 甲基化和羟甲基化测序技术介绍
答：革新性地，APOBEC偶联甲基化表观测序（ACE-seq）和酶法甲基化测序（EM-seq）以酶法取代传统化学处理，ACE-seq通过AID/APOBEC脱氨酶识别5hmC，保证了样本的完整性；EM-seq则通过TET2和脱氨酶的协同作用，同时监测5mC和5hmC的动态。TET辅助吡啶硼烷测序（TAPS）及其衍生技术TAPSβ和CAPS，更是巧妙利用还...
甲基化测序分析
答：第一列为测序信息 第二列为甲基化状态 + 代表甲基化 -代表未甲基化 第三列代表chromosome 第四列代表location 第五列代表methylation call，简单来说大写的就是甲基化的（因为还有CHG，CHH的数据，分别对应x, X , h, H）SRR10401142.1_1_bismark_bt2_pe.deduplicated.bismark.cov.gz文件则给了每...
甲基化测序的介绍
答：1.灵活度高能够直接对任意物种的高甲基化片段进行测序无需已知的基因组序列信息。2.检测范围广覆盖整个基因组范围的甲基化区域。3.精确度高能够在实际结合位点50个碱基范围内精确定位。4.数字化信号直接对甲基化片段进行测序和定量不存在传统芯片杂交的荧光模拟信号带来的交叉反应和背景噪音问题。
甲基化甲基化检测方法
答：甲基化特异性PCR (MSP)：首先使用亚硫酸氢盐处理DNA，使非甲基化的胞嘧啶变为尿嘧啶，然后设计针对甲基化和非甲基化序列的引物进行PCR。通过检测PCR产物，若使用处理后的甲基化DNA链引物得到扩增，说明该位点甲基化；反之，则非甲基化。亚硫酸氢盐测序法 (BSP)：同样处理DNA，设计BSP引物进行PCR，随后...
甲基化测序的甲基化测序服务流程
答：1. 甲基化DNA免疫共沉淀MeDIP；2. 测序文库构建 双链DNA末端修复及3’末端加’A’ 使用特定的测序接头连接DNA片段两端 高保真聚合酶扩增构建的测序文库；3. DNA成簇Cluster扩增；4. 高通量测序Illumina Genome Analyzer IIx；5. 数据分析 原始数据读取 与数据库比对并进行注释 确定甲基化位点 深层次...
甲基化甲基化检测技术
答：近期，英国Oxford Nanopore Technologies的科学家提出，单分子纳米孔测序技术可能成为替代现有技术的新型选择。该技术直接识别并区分未修饰的胞嘧啶和甲基化胞嘧啶，无需繁琐的手动步骤。尽管目前仅限于短序列的测序，但纳米孔技术的直接甲基化检测有着巨大的潜力，一旦技术成熟，将对生物学研究产生深远影响。
有哪些RNA甲基化测序的技术呢?
答：MeRIP-seq是针对于RNA甲基化的测序技术，是一项结合了DNA甲基化测序，染色质免疫共沉淀和RNA测序而产生的技术，现在针对于MeRIP-seq分析的软件有MeRIP-PF之类的。甲基化包括DNA甲基化或蛋白质甲基化（1）DNA甲基化。脊椎动物的DNA甲基化一般发生在CpG位点（胞嘧啶-磷酸-鸟嘌呤位点，即DNA序列中胞嘧啶后紧...
请问第二代DNA甲基化测序使用什么测序仪 具体原理是什么呢
答：HIESEQ，原理：HiSeq 2000的测序原理和Genome Analyzer相同，采用稳定的可逆终止法边合成边测序技术。该技术使用4种含有末端阻断基团和不同荧光信号的碱基进行模板互补链的合成，不仅确保了测序的高精确性和高顺序性，而且排除了由重复序列和同聚物导致的测序错误。
DNA的甲基化是在DNA的序列不变的条件下，在其中某些碱基上加上甲基的这样一个过程。
一般是使甲基化位点的下游的基因表达量变少
甲基化和差甲化的C碱基都不能被转化成U碱基
氧化
用高钌酸钾氧化的方法来氧化羟甲基化的C，其转化效率是94%左右。
用糖基把羟甲基化的C给保护起来。然后用TET蛋白（Ten-eleven translocation methylcytosine dioxygenase 1），把甲基化的C转化成羟基化的C
92%的羟甲基化的C得到了糖基的保护，还保持了C
因为亚硫酸氢盐处理过后，绝大部分的C都被转化成了T。这样，测出来的序列在和基因组进行对比的时侯，直接对比是对比不上的。为了要进行比对，就要把基因组的碱基做两种转变。
把基因组上所有的C都改到T，再来和测序测到的序列来对比。这样，就可以把原来的链给对比上。
把基因组上所有的G都变成A，这样才能和经过PCR得到的原样本链睥互补链对比得上。这样做的原因，是原样本链的互被链，它上面绝大部分的G，都被变成了A。所以，只有把（参考）基因组上的G，也都改成A，这样才能对比得上。比对上之后，再来看哪些碱基是没有被转化的。这样，就可以确认这些碱基的甲基化修饰情况了。
亚硫酸氢盐对未甲基化的C的转化效率并不是100%，一般是在99%左右。
转化实验当中加入内参对照品。一般情况下，是用甲基化酶缺陷型的大肠杆菌，所生产出来的完全没有被甲基化的λ（噬菌体）DNA，或者pUC19（质粒）DNA做内参。来看一次实验当中C的转化效率。一般情况下，实验当中是加入1%的完全没有甲基化的λ DNA做内参。
通过用甲基化酶处理过的，CpG岛完全被甲基化的DNA，来跟踪甲基化DNA对亚硫酸氢盐转化的抵抗效果。
这个方向停止更新20200413
因为对于现阶段的我帮助不是很大，还有很多重要的事情去做，除非以后有闲暇时间再来续更。资料都是借鉴了很多其他人的资料。
答：转化实验当中加入内参对照品。一般情况下，是用甲基化酶缺陷型的大肠杆菌，所生产出来的完全没有被甲基化的λ（噬菌体）DNA，或者pUC19（质粒）DNA做内参。来看一次实验当中C的转化效率。一般情况下，实验当中是加入1%的完全没有甲基化的λ DNA做内参。通过用甲基化酶处理过的，CpG岛完全被甲基化的DNA...
答： WGBS全称Whole Genome Bisulfite Seuqneicng： 即全基因组重亚硫酸盐测序。该方法通过Bisulfite处理，将原基因组中未发生甲基化的C碱基转换成U的同时，保留所有甲基化C的碱基不发生转变，从而帮助科研人员识别发生甲基化的CpG位点...
答：革新性地，APOBEC偶联甲基化表观测序（ACE-seq）和酶法甲基化测序（EM-seq）以酶法取代传统化学处理，ACE-seq通过AID/APOBEC脱氨酶识别5hmC，保证了样本的完整性；EM-seq则通过TET2和脱氨酶的协同作用，同时监测5mC和5hmC的动态。TET辅助吡啶硼烷测序（TAPS）及其衍生技术TAPSβ和CAPS，更是巧妙利用还...
答：第一列为测序信息 第二列为甲基化状态 + 代表甲基化 -代表未甲基化 第三列代表chromosome 第四列代表location 第五列代表methylation call，简单来说大写的就是甲基化的（因为还有CHG，CHH的数据，分别对应x, X , h, H）SRR10401142.1_1_bismark_bt2_pe.deduplicated.bismark.cov.gz文件则给了每...
答：1.灵活度高能够直接对任意物种的高甲基化片段进行测序无需已知的基因组序列信息。2.检测范围广覆盖整个基因组范围的甲基化区域。3.精确度高能够在实际结合位点50个碱基范围内精确定位。4.数字化信号直接对甲基化片段进行测序和定量不存在传统芯片杂交的荧光模拟信号带来的交叉反应和背景噪音问题。
答：甲基化特异性PCR (MSP)：首先使用亚硫酸氢盐处理DNA，使非甲基化的胞嘧啶变为尿嘧啶，然后设计针对甲基化和非甲基化序列的引物进行PCR。通过检测PCR产物，若使用处理后的甲基化DNA链引物得到扩增，说明该位点甲基化；反之，则非甲基化。亚硫酸氢盐测序法 (BSP)：同样处理DNA，设计BSP引物进行PCR，随后...
答：1. 甲基化DNA免疫共沉淀MeDIP；2. 测序文库构建 双链DNA末端修复及3’末端加’A’ 使用特定的测序接头连接DNA片段两端 高保真聚合酶扩增构建的测序文库；3. DNA成簇Cluster扩增；4. 高通量测序Illumina Genome Analyzer IIx；5. 数据分析 原始数据读取 与数据库比对并进行注释 确定甲基化位点 深层次...
答：近期，英国Oxford Nanopore Technologies的科学家提出，单分子纳米孔测序技术可能成为替代现有技术的新型选择。该技术直接识别并区分未修饰的胞嘧啶和甲基化胞嘧啶，无需繁琐的手动步骤。尽管目前仅限于短序列的测序，但纳米孔技术的直接甲基化检测有着巨大的潜力，一旦技术成熟，将对生物学研究产生深远影响。
答：MeRIP-seq是针对于RNA甲基化的测序技术，是一项结合了DNA甲基化测序，染色质免疫共沉淀和RNA测序而产生的技术，现在针对于MeRIP-seq分析的软件有MeRIP-PF之类的。甲基化包括DNA甲基化或蛋白质甲基化（1）DNA甲基化。脊椎动物的DNA甲基化一般发生在CpG位点（胞嘧啶-磷酸-鸟嘌呤位点，即DNA序列中胞嘧啶后紧...
答：HIESEQ，原理：HiSeq 2000的测序原理和Genome Analyzer相同，采用稳定的可逆终止法边合成边测序技术。该技术使用4种含有末端阻断基团和不同荧光信号的碱基进行模板互补链的合成，不仅确保了测序的高精确性和高顺序性，而且排除了由重复序列和同聚物导致的测序错误。
