加入你从某动物组织提取了一份总RNA,可采用一些什么方法检测它的质量(完整性)、纯度、和浓度,说明依据

kuaidi.ping-jia.net  作者:佚名   更新日期:2024-08-06
如何对提取后的总RNA进行质量测定

如何对提取后的总RNA进行质量测定
完整的总RNA在进行变性凝胶电泳时会产生清晰的28S和18S rRNA条带(真核样品)。28S rRNA条带的强度应当大致为18S rRNA条带的两倍。这种2:1的比率(28S:18S)是判断RNA完整性的一个很好的指标。
使用变性凝胶电泳来评估RNA完整性的一个缺陷是观察所需的RNA样品量。通常情况下,需要在变性凝胶中上样至少200 ng的RNA才能在EtBr染色下进行观察。而在某些RNA制备实验中,如从穿刺活检样品或激光捕获显微切割样品中提取RNA,得率是非常低的。这种情况下,或许就不可能在进行表达谱分析实验前取出200ng的RNA来评估其完整性。其它的核酸染料,比如Moleculor Probes (Eugene, OR) 的SYBR® Gold及SYBR Green II RNA染料,相比传统的琼脂糖凝胶电泳EtBr染色方法可以显著提高灵敏度。通过使用300nm的透射光源(6 x 15瓦的灯泡)及特殊的滤光片,SYBR Gold RNA凝胶染色可以检测到低至1ng的RNA,而SYBR Green II则可以检测到2ng,从而可以使用更少的样品来进行RNA完整性分析。
目前有一种快速简单的方法可以替代传统的凝胶分析方法,这种方法可以同时对RNA样品进行定量及质量评估。Agilent 2100 Bioanalyzer (Agilent Technologies)是第一款商业化的提供RNA样品状态细节信息的微流体仪器。当与RNA 6000 LabChip®(Caliper Technologies Corporation所拥有的一个注册商标)结合使用时,每次进行分析最低仅需1µl浓度为10 ng/µl 的样品。除了评估RNA完整性,这台自动化系统同样可以提供样品RNA浓度及纯度(如mRNA制备中的rRNA污染)的评估。在过去,检测浓度及纯度需要使用部分RNA样品(通过A260分光光度法),而评估完整性则需要另外使用部分样品。通过使用LabChip®系统,可以仅使用一份5ng的样品来同时对浓度、完整性及纯度进行分析。分析数据可以显示为类凝胶图像、电泳峰图及表格形式等。

1、酚抽提法:先用蛋酶K、SDS破碎细胞,消化蛋白,然后用酚和酚-氯萃取,高速离心后取上清,所得DNA大小为100-150kb
2、甲酰胺解聚法:破碎细胞同上,然后用高浓度甲酰胺解聚蛋白质与DNA的结合,再透析获得DNA可得DNA200kb左右。
3、玻璃棒缠绕法:用盐酸胍裂解细胞,将裂解物铺于乙醇上,然后用带钩或U型玻璃棒在界面轻搅,DNA沉淀液绕于玻棒。生成DNA约80kb。
4、异丙醇沉淀法:基本同1法,仅用二倍容积异丙醇替代乙醇,可去除小分子RNA(在异丙醇中可溶状态)
5、表面活性剂快速制备法:用Triton X-100A或NP40表面活性剂破碎细胞,然后用蛋白酶K或酚去除蛋白,乙醇沉淀或透析。
6、加热法快速制备:加热96℃-100℃,五分钟,然后离心后取上清,可用于PCR反应。
7、碱变性快速制备:先用NaOH作用20分钟,再加HCI中和,离心后取上清,含少量DNA。

扩展资料:
DNA提取原则:
1、保证核酸一级结构的完整性;
2、核酸样品中不应存在对酶有抑制作用的有机溶剂和过高浓度的金属离子;
3、其他生物大分子如蛋白质、多糖和脂类分子的污染应降低到最低程度;
4、其他核酸分子,如RNA,也应尽量去除。
参考资料来源:百度百科——DNA提取

凝胶电泳检测DNA和蛋白污染,以及是否有降解,初步观测28S:18S ;
Nanodrop,初步测浓度,260比280,260比230
Qubit可以精确定量
还有一种安捷伦2100的机器,可以测得更精准的指标,会有一个图以及一个模拟电泳出来,能得到RIN值什么的,目前最尖端的方法就是这四种了

1。测260,280,230下OD值
2。跑琼脂糖凝胶电泳
常用的就这两种方法。具体你自己百度一下,很简单

  • 加入你从某动物组织提取了一份总RNA,可采用一些什么方法检测它的质量...
    答:Qubit可以精确定量 还有一种安捷伦2100的机器,可以测得更精准的指标,会有一个图以及一个模拟电泳出来,能得到RIN值什么的,目前最尖端的方法就是这四种了
  • 求助QIAGEN试剂盒提取总RNA的步骤
    答:b. 动物组织:取新鲜或-70℃冻存100mg组织加1ml裂解液,用组织研磨杵或匀浆器匀浆处理。c. 贴壁细胞:直接在培养板中加入裂解液裂解细胞,每106细胞加1ml 裂解液。用取样器吹打混匀。d. 细胞悬液:离心收集细胞。每106动物、植物和酵母细胞或每107细菌细胞加1ml裂解液混匀。e. 血液处理:取0.2...
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