如何检测RNA提取成功或如何检测RNA的完整性

kuaidi.ping-jia.net  作者:佚名   更新日期:2024-08-06
如何检测RNA提取成功或如何检测RNA的完整性?

跟琼指糖凝胶电泳,有28S和18S的带,就说明提取成功,如果28S和带比18S的带亮2倍,并且后面没有拖带,说明没被降解,完整性好

对少量样品进行琼脂糖凝胶变性电泳,样品应有清晰完整条带,无弥散。不同物种总RNA条带不同,在网上可以查到相关对照。另外,个别物种如某些昆虫,提取方法不同,RNA完整性亦不同。
具体方法,一般情况下取0.5ugRNA样品,补水至总体积约3~10ul,以4、5uL为佳。加入适量loading buffer及EB(或其他染色剂)混合。按照RNA样品种类不同配置1.3%~1.7%浓度的琼脂糖凝胶。缓冲液配方网上可查。进行电泳。并在紫外灯下观察条带。
全程保证无RNA酶环境,且越长的RNA分子越容易降解,可依次判断您的总RNA样品完整性。

检测RNA的完整性的方法:

  1. 完整的总RNA在进行变性凝胶电泳时会产生清晰的28S和18S rRNA条带(真核样品)。28S rRNA条带的强度应当大致为18S rRNA条带的两倍。这种2:1的比率(28S:18S)是判断RNA完整性的一个很好的指标。

  2. 使用变性凝胶电泳来评估RNA完整性的一个缺陷是观察所需的RNA样品量。通常情况下,需要在变性凝胶中上样至少200 ng的RNA才能在EtBr染色下进行观察。而在某些RNA制备实验中,如从穿刺活检样品或激光捕获显微切割样品中提取RNA,得率是非常低的。这种情况下,或许就不可能在进行表达谱分析实验前取出200ng的RNA来评估其完整性。其它的核酸染料,比如Moleculor Probes (Eugene, OR) 的SYBR® Gold及SYBR Green II RNA染料,相比传统的琼脂糖凝胶电泳EtBr染色方法可以显著提高灵敏度。通过使用300nm的透射光源(6 x 15瓦的灯泡)及特殊的滤光片,SYBR Gold RNA凝胶染色可以检测到低至1ng的RNA,而SYBR Green II则可以检测到2ng,从而可以使用更少的样品来进行RNA完整性分析。

  3. 目前有一种快速简单的方法可以替代传统的凝胶分析方法,这种方法可以同时对RNA样品进行定量及质量评估。Agilent 2100 Bioanalyzer (Agilent Technologies)是第一款商业化的提供RNA样品状态细节信息的微流体仪器。当与RNA 6000 LabChip®(Caliper Technologies Corporation所拥有的一个注册商标)结合使用时,每次进行分析最低仅需1µl浓度为10 ng/µl 的样品。除了评估RNA完整性,这台自动化系统同样可以提供样品RNA浓度及纯度(如mRNA制备中的rRNA污染)的评估。在过去,检测浓度及纯度需要使用部分RNA样品(通过A260分光光度法),而评估完整性则需要另外使用部分样品。通过使用LabChip®系统,可以仅使用一份5ng的样品来同时对浓度、完整性及纯度进行分析。分析数据可以显示为类凝胶图像、电泳峰图及表格形式等。



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