细菌的分子生物学鉴定要怎么做?

kuaidi.ping-jia.net  作者:佚名   更新日期:2024-07-07
细菌的分子生物学鉴定要怎么做?

是的,要做PCR。
首先你要提出细菌的DNA。
方法如下:
1、液体培养及保种:从斜面上挑取菌苔于液体培养基中放摇床上震荡(转速160r/min)培养16小时。吸取菌液于1.5ml的经过灭菌的EP管中,再加甘油(30-40%)进行保种。(-80摄氏度保藏2年)
2、提取DNA(CTAB法):
(1)取1.5ml菌液于1. 5ml离心管中,12000r/min离心2min,弃上清。
(2)向沉淀物中加入350ul双蒸水,重新悬浮沉淀。
(3)加入20ul10%SDS和3ul的蛋白酶K(20mg/ml),溶菌酶3ul,混匀,于50℃温育1h。
(4)加入50ul 5mol/L NaCl溶液,充分混匀,再加入50ul CTAB/NaCl溶液,混合后再65℃温育30min。
(6)冷却后加入等体积的酚(沉淀蛋白质):氯仿:异戊醇(增强酚的作用)(25:24:1),小心上下颠倒混匀,12000r/min离心5min,将上清液转移到新的EP管,重复此步骤2-3次,直至分层界面无白色沉淀。
(7)加入等体积的氯仿:异戊醇(24:1),小心颠倒混匀,12000r/min离心5min将上清液转移到新的EP管。(纯化作用)
(8)加入0.6倍体积的异丙醇,轻轻混合直到DNA沉淀下来,12000r/min离心15min弃上清。
(9)向离心管中加入75%乙醇,12000r/min离心5min洗涤DNA沉淀,小心弃上清,重复洗涤1次,弃上清将离心管倒置于吸水纸上,晾干。
(10)加入50ul(双蒸水)/ TE Buffer溶解DNA于4℃保存。
(11)电泳检测
6、PCR扩增:(细菌的通用引物为27F和1492R)将提取得到的DNA进行PCR扩增,电泳检测扩增得到的16S rDNA(如果菌类分明,条带清晰,PCR原液可直接送去测序,双向测通,得到测序序列后到NCBI的BLAST页面比对,得出鉴定结果)
7、酶切带型分型确定操作单元:将扩增产物用HhaI和HaeIII两种限制性内切酶进行酶切,电泳检测酶切产物,酶切带型相同的分为一个操作单元。
8、连接转化:从每一个操作单元中选取一株菌的16S rDNA进行连接实验。将连接产物转入感受态细胞中,将感受态细胞涂布于含有Amp的平板上,倒置培养12-16h。
9、克隆子挑选及PCR鉴定:从上一步的平板上挑取单菌落于含有Amp的液体培养基中震荡培养12h,以培养液为模板直接进行PCR扩增鉴定(1000-2000bp)。将含有目的片段的克隆子菌液低温保存。
10、测序:将含有目的片段的克隆子菌液送去测序。
11、序列拼接:运用DNAMAN软件对测序得到的序列进行拼接。
12、建树:对拼接得到的序列用Blast进行比对,最后将比对得到的所有序列运用MEGA6建立系统发育树。

一般可以从形态和分子水平鉴定。形态观察可以从不同的菌型鉴定是杆菌、球菌等。最好的办法是做菌落PCR,特异性得到细菌的16s rDNA,然后通过基因测序手段得到16s rDNA序列,通过NCBI比对序列查找相似菌株,再建立系统进化树,从而得出种属关系。

是的,要做PCR。
首先你要提出细菌的DNA。
方法如下:
1、液体培养及保种:从斜面上挑取菌苔于液体培养基中放摇床上震荡(转速160r/min)培养16小时。吸取菌液于1.5ml的经过灭菌的EP管中,再加甘油(30-40%)进行保种。(-80摄氏度保藏2年)
2、提取DNA(CTAB法):
(1)取1.5ml菌液于1. 5ml离心管中,12000r/min离心2min,弃上清。
(2)向沉淀物中加入350ul双蒸水,重新悬浮沉淀。
(3)加入20ul10%SDS和3ul的蛋白酶K(20mg/ml),溶菌酶3ul,混匀,于50℃温育1h。
(4)加入50ul 5mol/L NaCl溶液,充分混匀,再加入50ul CTAB/NaCl溶液,混合后再65℃温育30min。
(6)冷却后加入等体积的酚(沉淀蛋白质):氯仿:异戊醇(增强酚的作用)(25:24:1),小心上下颠倒混匀,12000r/min离心5min,将上清液转移到新的EP管,重复此步骤2-3次,直至分层界面无白色沉淀。
(7)加入等体积的氯仿:异戊醇(24:1),小心颠倒混匀,12000r/min离心5min将上清液转移到新的EP管。(纯化作用)
(8)加入0.6倍体积的异丙醇,轻轻混合直到DNA沉淀下来,12000r/min离心15min弃上清。
(9)向离心管中加入75%乙醇,12000r/min离心5min洗涤DNA沉淀,小心弃上清,重复洗涤1次,弃上清将离心管倒置于吸水纸上,晾干。
(10)加入50ul(双蒸水)/ TE Buffer溶解DNA于4℃保存。
(11)电泳检测
6、PCR扩增:(细菌的通用引物为27F和1492R)将提取得到的DNA进行PCR扩增,电泳检测扩增得到的16S rDNA(如果菌类分明,条带清晰,PCR原液可直接送去测序,双向测通,得到测序序列后到NCBI的BLAST页面比对,得出鉴定结果)
7、酶切带型分型确定操作单元:将扩增产物用HhaI和HaeIII两种限制性内切酶进行酶切,电泳检测酶切产物,酶切带型相同的分为一个操作单元。
8、连接转化:从每一个操作单元中选取一株菌的16S rDNA进行连接实验。将连接产物转入感受态细胞中,将感受态细胞涂布于含有Amp的平板上,倒置培养12-16h。
9、克隆子挑选及PCR鉴定:从上一步的平板上挑取单菌落于含有Amp的液体培养基中震荡培养12h,以培养液为模板直接进行PCR扩增鉴定(1000-2000bp)。将含有目的片段的克隆子菌液低温保存。
10、测序:将含有目的片段的克隆子菌液送去测序。
11、序列拼接:运用DNAMAN软件对测序得到的序列进行拼接。
12、建树:对拼接得到的序列用Blast进行比对,最后将比对得到的所有序列运用MEGA6建立系统发育树。

  • 试述细菌种属鉴定的常用分子生物学方法。
    答:最常用的方法是热变性法,其次是高效液相色谱法和浮力密度法。(2)DNA-DNA杂交:DNA杂交可得出DNA之间核苷酸顺序的互补程度,从而推断不同细菌基因组间的同源性。目前最常用的是复性速率法,同一菌的复性率为100%;80%~90%的同源为同一种内同一亚种的细菌;60%~70%同源性为同一种内不同亚种的细菌...
  • 细菌的分子生物学鉴定要怎么做?
    答:是的,要做PCR。\x0d\x0a首先你要提出细菌的DNA。\x0d\x0a方法如下:\x0d\x0a1、液体培养及保种:从斜面上挑取菌苔于液体培养基中放摇床上震荡(转速160r/min)培养16小时。吸取菌液于1.5ml的经过灭菌的EP管中,再加甘油(30-40%)进行保种。(-80摄氏度保藏2年)\x0d\x0a2、提取...
  • 分子生物学技术在细菌检验中的应用
    答:1.dna-dna杂交,该技术被认为是细菌分类和鉴定的“黄金法则”,主要方法如下:标记法、吸光度法、荧光强度法等。2.16srrna法:细菌核糖体的rna有三种类型,(23s、16s、5s)rrna,其中16s被认为作为生物系统发育和分类指标最为合适。3.细菌核心基因(看家基因),包括gyrb、rpob、groel、recn等。
  • 哪些分子生物学技术被用于对细菌的分类,鉴定
    答:1、细菌常规鉴定方法 1. 1 免疫诊断技术 1. 1. 1凝集试验 目前常用的是葡萄球菌协同凝集试验(SPA - CoA) ,金黄色葡萄球菌细胞壁的A 蛋白(SPA) 能与动物血清中IgG的Fc 结合,成为致敏的颗粒载体,特异性IgG的Fc 与SPA 结合后, F (ab’) 2 段暴露在葡萄球菌表面,与相应细菌反应呈现凝集现象,此...
  • 菌种鉴定的方法
    答:菌种鉴定的方法一般有常规鉴定和分子生物学方法:(1)常规鉴定:菌落形态观察、革兰氏染色、菌毛染色、糖类分解实验、吲哚实验、淀粉水解实验、V-P实验、甲基红实验、柠檬酸盐利用实验、硝酸盐还原实验、接触酶实验等 (2)分子生物学方法:细菌16SrDNA菌种鉴定:提取DNA,特定引物PCR扩增,PCR产物纯化测序...
  • 细菌快速鉴定方法有哪些
    答:一、分子生物学鉴定方法 分子生物学鉴定方法是一种基于细菌基因序列的鉴定方式。随着基因测序技术的快速发展,这种方法因其准确性和高效性而受到广泛应用。通过提取细菌的DNA序列,利用特定的引物进行PCR扩增,然后与已知的细菌基因序列数据库进行对比,可以迅速鉴定出细菌的种类。二、生物芯片技术鉴定 生物芯片...
  • 简述细菌鉴定的基本方法(从哪几个方面鉴定细菌)?
    答:(3)常见的生化鉴定:如糖发酵试验、吲哚(靛基质)试验、淀粉水解试验、V-P试验、甲基红(M、R)试验、柠檬酸盐利用试验、硝酸盐还原试验、接触酶试验、氧化酶试验。(4)血清学鉴定:检定抗原型或血清型。(5)分子生物学鉴定:利用分子生物学手段进行细菌的种属、亚型的鉴定。(6)动物试验:测定...
  • 细菌快速鉴定的方法有哪些
    答:1. 显微镜观察法:这是一种通过显微镜观察细菌形态、大小、排列方式等特征来鉴定细菌的方法。通过对细菌样本进行染色处理,然后在显微镜下观察其形态特征,如菌体形状、鞭毛数量等,可以初步判断细菌的种类。这种方法操作简便,但准确性相对较低。2. 分子生物学鉴定法:随着分子生物学技术的发展,DNA序列分析...
  • 鉴定细菌种(不是属)的生物学方法有哪些
    答:1、传统方法 常规宏观菌落形态学观察,细菌的个体形态学观察,即通过显微镜观察。血清型鉴定,细菌毒力的测定.2、仪器自动化鉴定 如VITEK系统、MIDl系统、BIOLOG系统、 SENSITl.TRE系统、AUTOSCEPTOR系统以及MICROSCAN系统等 3、分子生物学鉴定 主要是核酸检测技术,包括基因测序、指纹图谱技术、基因探针技术、...
  • 试述细菌鉴定的指标有哪些
    答:菌落形态,菌丝,孢子体,致病性,革兰氏染色的阴阳,DNA序列等。。。