在明朝兵权属于兵部吗?

明代军事制度几经变迁，一语难以概全。既然题主问到兵权与兵部关系以及卫所军户逃亡问题，那就简略而述。明代兵部自胡惟庸案发后直属于皇帝，有调兵权，无统兵权，兵权尽归于皇帝之手；都司卫所隶属于五军都督府，同时听命于兵部，五军都督府有统兵权，无调兵权。明代有户籍制度，卫所士兵属于军户，军户为世袭，管理颇严格，除籍十分困难。所以卫所军逃亡，应该由地方上的都指挥使司和卫所直接管理，兵部下属武库清吏司也有职责补足兵丁缺额。

明太祖在元末即开始着手建立军队编制与统兵机构的举措，例如至正十五年六月，攻克太平后，建立太平兴国翼元帅府（见《太祖实录》卷三），作为地方统兵机构，到至正二十四年，共建立二十七个翼元帅府；至正十六年七月，设立江南行枢密院，作为中央性质的最高军事机构，二十一年改称为大都督府，二十四年罢大都督，设左右都督。以上可大致一窥太祖建国前朱氏势力的军事体制。
洪武元年，太祖即位，明朝建国，正式着手建立国家政权性质的军事机构，其中在职掌军事的中央机构主要有二，即兵部与大都督府（后为五军都督府），兵部有调兵权，都督府有统兵权二者分权制约；地方军事管理机构的主要表现就是都司卫所制。

兵部
兵部设立于洪武元年八月，原是中书省下属机构之一，在六部中位列第四（吏户礼兵刑工），洪武十三年，胡惟庸案发，废中书省及宰相制度，六部直属于皇帝，自此，皇帝直掌兵权。
洪武二十九年，兵部职权与建制基本确定，据《大明会典》如下：
1、正官：
尚书一人，正二品，主持兵部工作。
左右侍郎各一人，正三品。
2、清吏司：主官皆为郎中，正五品，职掌本司之事；员外郎，从五品；主事，皆为正六品。
（1）武选：郎中一员，员外郎一员，主事五员（内一员，清理军职贴黄。一员，续黄。一员，管新官袭替。一员，管旧官袭替。一员，管优给优养官舍。）
（2）职方：郎中一员，员外郎二员，主事六员（内一员，管山海关。一员，管清解军丁。四员，轮管验军、巡捕、点闸京城九门、存恤军士、编解军犯及看本部题本。）
（3）车驾：郎中一员，员外郎一员，主事三员（内一员，督理会同馆。一员，管理太仆寺收放马价并各关交兑马匹。）
（4）武库：郎中一员，员外郎一员，主事二员（内一员，管理京卫武学官生。）
3、司务厅：办公机构，司务二人，从九品。
4、并所属两衙门：
会同馆：大使一员，正九品；副使二员，从九品。
大通关：大使一员、副史一员，未入流。
兵部具有奉皇帝之命下达调兵之权的指责，但没有直接统兵的权力。

五军都督府
五军都督府前身为前文提及的行枢密院，至正二十一年三月，太祖改为大都督府，以侄儿朱文正为大都督，节制中外诸军事。二十四年三月，罢大都督，改设左右都督。
洪武十三年，胡惟庸案发后，太祖改革中央机构，改大都督府为五军（中军、左军、右军、前军、后军）都督府，是为明代最高的统兵机构，直接听命于皇帝，但仍与兵部保持着关系。据《明史·职官志五》所载：

都督府掌军旅之事，各领其都司、卫所，以达于兵部。……都司掌一方之军政，各率其卫所以隶于五府，而听于兵部。
故而可以看出，当时每个都督府要统率下属的都司卫所，平时管理操练、守御、屯田、群牧之事，战时则奉命派将领统兵出征。但需要注意的一点是，兵部与五军都督府并不具有统属关系，而是各有其职掌的两个中央军事机构，“五军都督府总兵籍而不与调发，兵部得调发而不治兵”。

一旦爆发战争，军队调动出征，程序十分严格。战争是否进行，都需要全国武装力量的最高统帅——皇帝做出决定，尔后发出征讨诏书，兵部则需要根据皇帝旨意，用“皇帝信宝”颁发调兵命令；五军都督府则需要奉皇帝之命出任统兵将领，挂印出征，指挥前线。
故而说，明代皇帝才真正掌握兵权。

类似参谋的官员可不是在兵部任职的。。。。。。。低级的叫赞画，高级的叫都司佥书