柯南的主线在哪几本漫画里啊？
您好，我是柯南吧知道团队的成员，很高兴能回答您的问题^_^
一、新一出场的漫画是在单行本第1、10、21、26、34、35、50、51、55、62、63、71、72册上。（42册非本尊）
1、Vol.1 File.1 平成时代的福尔摩斯
著名的TV 1《云霄飞车杀人事件》，可怜的新一只出场一集就变成柯南了。
2、Vol.10 File.4 东方的名侦探
File.5 东方的名侦探现身
File.6 浑身发热
TV 48～49《外交官杀人事件》。服部登场，柯南喝白干变回新一的那集
3、Vol.21 File.4 最初的招呼
File.5 空中的密室
File.6 最后的王牌
File.7 隐藏在内心深处
即TV 162《飞天密室 工藤新一最初的事件》
4、Vol.26 File.3 被遮蔽的事实
File.4 冒死复活
File.5 休息片刻
File.6 平静的时光
File.7 怀念的地方
即TV 190～193《危命的复活》系列
5、Vol.34 File.11 金苹果①
Vol.35 File.1 金苹果②
File.2 金苹果③
File.3 金苹果④
File.4 金苹果⑤
对应 TV 286～288《工藤新一NY事件》
6、Vol.50 File.8 平次的回忆
File.9 雪女之计
File.10 谜一样的缆车
File.11 银衣雪女传说
Vol.51 File.1 风雪中的复仇
对应 TV 490《服部平次VS工藤新一 滑雪场的推理对决》
7、 Vol.55 File.6 月下
File.7 黎明
File.8 白昼
File.9 落日
对应 TV 472～473《工藤新一少年时代的冒险》
8、Vol.62 File.5 憎恶之村
File.6 失去的记忆
File.7 工藤新一杀人
File.8 死罗神大人
File.9 止不住的泪水
File.10 原形
File.11 真正想问的事
Vol.63 File.1 我的推理
File.2 推理的答案
对应即“死罗神事件”，对应 TV 521《杀人犯 工藤新一》、TV 522《新一的真实身份 小兰的眼泪》、TV 523《真正想问的事》。在File.10《原形》时，真正的新一才正式登场
9、伦敦篇是在单行本71与72册上，不过72册还没有出简体中文版漫画
Vol.71 File.3 福尔摩斯的弟子
File.5 令人心痛的爱
File.6 向福尔摩斯求助
File.7 福尔摩斯的暗号
Vol.72 File.1 棘手的疑难事件
（Vol.71 中的 File.4 启示录 、File.8 另一个A 、File.9 女王传达的信息 、File.10 真正的目标 、File.11 女王真正的价值 上，柯南未变回新一）
即TV 616～621《福尔摩斯的默示录》系列
另外：42册上的新一是服部装扮的。见下方服部平次出场第18条。
新一在《魔术快斗》Vol.4 File.5～6《江古田钟楼》卷中也有登场
二、服部的漫画出场在单行本第10、12、13、15、16、19、21、23、25、26、28、29、30、31、32、34、35、36、38、39、42、43、47、50、51、54、55、56、59、62、63、66、70册上：
1、Vol.10 File.2 西方的名侦探
File.3 棋逢敌手
File.4 东方的名侦探
File.5 东方的名侦探现身
File.6 浑身发热
对应TV 48～49《外交官杀人事件》
2、Vol.12 File.7 福尔摩斯之约
File.8 知道太多的女人
File.9 不明原因的爆炸
File.10 被识破的谎言
Vol.13 File.1 真面目
对应TV 57～58《福尔摩斯迷杀人事件》
3、Vol.15 File.10 染血的绷带
Vol.16 File.1 白色的凶手
File.2 电话的真相
File.3 火焰的羁绊
对应TV 77～78《名门连续惨死事件》
4、Vol.19 File.3 1/2的顶点
对应TV 116～117《推理小说家失踪事件》
5、Vol.19 File.5 美食之都大阪城
File.6 第四个人 钱包
File.7 钱包疑云
File.8 驾照的秘密
对应TV 118《浪花连续杀人事件》
6、Vol.21 File.11 东京风和日丽
Vol.22 File.1 刚好一对
File.2 证据
File.3 猎物上钩了
对应 TV 141～142《结婚前夜的密室事件》
7、Vol.23 File.4 影子计画师
File.5 杀机正浓
File.6 意外的标的
File.7 消失于波涛之中
File.9 证人生还了
对应 TV 174 《20年的杀意 新佛尼号连续杀人事件》
8、Vol.25 File.4 蜘蛛公馆
File.5 恐怖降临
File.6 平次的叫喊
File.7 平次的忿怒
File.8 说不出口
对应 TV 166～168《鸟取蜘蛛屋的怪物》
9、Vol.26 File.1 迷惘的心
File.2 不速之客
File.3 被遮蔽的事实
File.4 冒死复活
File.5 休息片刻
即TV 190～193《危命的复活》系列
10、Vol.28 File.5 恐怖的女人
File.6 人鱼的诅咒
File.7 命样的预言
File.8 恶魔之箭
File.9 最后一箭
File.10 未获回报的心
对应TV 221《满口谎言的委托人（后篇）》、TV 222～224《人鱼失踪记》
11、Vol.29 File.9 K3
File.10 最后可能性
File.11 举红牌
对应TV 238～239《大阪3K事件》
12、Vol.30 File.1 直球定输赢
对应TV 240《新干线护送事件（前篇）》
13、Vol.31 File.8 浪速的剑士
File.9 被移动的剑士
File.10 审判的剑士
File.11 大将耳之城
Vol.32 File.1 大将军的宝物
File.2 跨越时空
File.3 浪速劝进帐
File.4 悲哀的虎之卷
对应TV 263《大阪双谜 浪花剑士和太阁之城》
14、Vol.34 File.2 反击的线索
File.3 从天而降的邻居
File.4 你到底是谁
对应 TV 277～278《英语教师 vs 西部名侦探》
15、Vol.35 File.11 死亡岛
Vol.36 File.1 危险的造访者
File.2 神秘的文字
File.3 古索的使者
File.4 公主与龙宫
对应 TV 291～293《孤岛的公主与龙宫城》
16、Vol.38 File.8 服部平次穷途末路！①
File.9 服部平次穷途末路！②
File.10 服部平次穷途末路！③
对应 TV 323～324《服部平次一筹莫展》
17、Vol.39 File.1 赤红马
File.2 赤红马的影子
File.3 赤红马的主人
File.4 赤红马的目击者
File.5 愚昧的模仿
对应 TV 325～327《烈火中的赤兔马》
18、Vol.42 File.5 满月之夜、暗黑宴会的陷阱
File.6 染血的幽灵船
File.7 透明人！
File.8 工藤新一登场！？
File.9 面具下的真相
File.10 腐烂的苹果
对应 TV 345《与黑衣组织直面对决 满月之夜的二元推理》
19、Vol.43 File.6 选边站的推理秀！？
File.7 六面体的留言
File.8 解读死前留言的另一面
File.9 捏造出来的留言
File.10 53,000分之一的恶魔
File.11 甲子园恶魔的挑衅
对应 TV 383《甲子园的奇迹！绝不能输给看不见的恶魔》
20、Vol.47 File.8 出现的魔法
File.9 被封禁的文件
File.10 魔术师公馆
File.11 不及格的魔术师
对应 TV 406～408《柯南和平次的推理魔术》
21、Vol.50 File.8 平次的回忆
File.9 雪女之计
File.10 谜一样的缆车
File.11 银衣雪女传说
Vol.51 File.1 风雪中的复仇对应
对应 TV 490《服部平次vs工藤新一 滑雪场的推理对决》
22、Vol.54 File.5 雪山上的悲惨结局
File.6 吃人的房间
File.7 虚幻的尸体
File.8 利用血迹的诡计
File.9 东部的高中生侦探
File.10 侦探甲子园
File.11 密室证明
Vol.55 File.1 侦探们的名推理
File.2 热血侦探
对应 TV 479《与服部平次共度的三天》
23、Vol.56 File.7 来自关西的线索
对应 TV 484～485《黑色照片的去向（前篇）》
24、Vol.59 File.5 蜈蚣
File.6 铠甲武士
File.7 兵法
File.8 风林火山
File.9 战
File.10 阴与雷
对应 TV 516《风林火山 迷宫的铠甲武士》、TV 517《风林火山 阴与雷光的终结》
25、Vol.62 File.5 憎恨之村
File.6 消失的记忆
File.7 工藤新一杀人事件
File.8 死罗神大人
File.9 止不住的泪
File.10 真身
File.11 真正想问你的事情
Vol.63 File.1 我的推理
File.2 推理的答案
File.3 旋转的凶器
TV 521《杀人犯 工藤新一》、TV 522《新一的真相 兰的眼泪》、TV 523《真正想问的事》
26、Vol.66 File.7 仓库的秘密
File.8 护身符夺还战
File.9 最棒的比赛
File.10 使坏
对应 TV 572《妖怪仓库中的夺宝战斗（后篇）》、TV 573～574《羞愧的护身符的去向》
27、Vol.70 File.5 魔犬
File.6 怨灵
File.7 犬伏家
File.8 球
File.9 足迹
File.10 公主
File.11 仁义八行
对应 TV 610《被害人 工藤伸壹》、TV 611～613《犬伏城 炎之魔犬》
未收入单行本：
File.778 到底谁才是名侦探
File.779 小阿部
File.780 魔法料理
File.781 EYE
File.782 年轮蛋糕
File.783 菱形和菱形
File.784 誓约的现场调查
File.785 夫人的自白书
File.786 亲子之间的错视
三、基德在《名侦探柯南》漫画中的出场在单行本第16、20、30、44、46、53、55、61、64、65、68、70册上。（55和66册上被提到）
1、Vol.16 File.6 邂逅
File.7 消失
File.8 迹象
File.9 对决
对应动画为 TV 76《柯南 vs 怪盗基德》
2、Vol.20 File.2 快逃啊！
File.3 雪地之中
File.4 可疑的举动
File.5 探索
File.6 揭示真相
对应动画为 TV 132～134《魔术爱好者杀人事件》
3、Vol.30 File.4 聚集
File.5 惨剧
File.6 秘密谋杀
File.7 骗局
对应动画为TV 219《被召集的名侦探！工藤新一vs怪盗基德》
4、Vol.44 File.7 奇迹
File.8 惊愕
File.9 战栗
File.10 逃脱
对应动画为 TV 356《怪盗基德的惊异空中步行》
5、Vol.46 File.7 封印
File.8 机关
File.9 神器
File.10 不灭
对应动画为 TV 394～396《奇异屋宇的大冒险》
6、Vol.53 File.1 红莲
File.2 金色
File.3 青岚
File.4 纯白
对应动画为 TV 496～470《怪盗基德与四幅名画》
7、Vol.55 File.6 月下
File.7 黎明
File.8 白昼
File.9 落日
对应动画为 TV 472～473《工藤新一少年时的冒险》（主要出现的是第一代基德——黑羽盗一）
8、Vol.55 File.2 热血侦探（白马探回忆时出现的远影）
对应动画为 TV 479《和服部平次在一起的三天》
9、Vol.61 File.1 紫红指甲
File.2 瞬间移动
File.3 三忌
File.4 Zero
对应动画为 TV 515《怪盗基德瞬间移动》
10、Vol.64 File.11 铁狸
Vol.65 File.1 潜伏
File.2 解锁
对应动画为 TV 537～538《怪盗基德 vs 最强金库》
11、Vol.66 File.5 妖怪仓库（江户川柯南在解释警视厅搜查各科的工作时出现过远影）
对应动画为 TV 571《妖怪仓库中的夺宝战斗（前篇）》
12、Vol.68 File.5 青龙
File.6 朱雀
File.7 白虎
File.8 玄武
对应动画为 TV 585《永恒的樱花之恋》（后半部分）、TV 586《消失在黑暗中的麒麟之角》、TV 587《基德 vs 四神侦探团》
13、Vol. 70 File.2 龙马
File.3 突破
File.4 洗涮
对应动画为TV 627～628《柯南基德的龙马宝物攻防战》（不是629～630，因为《怪盗基德忙碌的约会》和《公主殿下爱魔术》都是《魔术快斗》漫画中的故事，并不属于《名侦探柯南》动画系列）
四、黑衣组织曾在第1、2、4、12、18、19、24、34、35、37、38、41、42、48、49、53、54、58、67册上登场。（另外在22、27、30、32、33、45、46、56、60、61、64等册中有出现关于黑衣组织的线索或为以后的主线剧情进行铺垫，因为字数限制就不一一列举了）
1、Vol.1 File.1 平成时代的福尔摩斯
File.2 变成小孩子的名侦探
对应 TV 1《云霄飞车杀人事件》
2、Vol.2 File.4 行踪不明的男子
File.5 可怜的少女
File.6 追踪高大的男人
File.7 恶魔一样的主谋
准确来说，无对应动画剧集，TV 13《奇怪的寻亲杀人事件》侧重寻亲和谋杀， TV 128《黑暗组织10亿元抢劫事件》则侧重明美的死亡和黑衣组织的关系。
3、Vol.4 File.4 黑色公事包之谜
TV 5《新干线大爆破事件》中进行修改，改为与黑衣组织无关。
4、Vol.12 File.4 突如其来的遭遇
File.5 炸弹的下落
File.6 柯南失算了
对应TV 54《电玩公司杀人事件》
5、Vol.18 File.6 转学生
File.7 黑衣女郎
File.8 秘密组织成员·代号雪莉
File.9 伪装的少女
File.10 将死
File.11 为什么？
对应 TV 129《来自黑暗组织的女子 大学教授杀人事件》
6、Vol.19 File.9 被狙击的球！
File.10 5万6千名人质
File.11 远方之眼
对应 TV 130～131《竞技场无差别胁迫事件》
7、Vol.24 File.7 背叛的街角
File.8 漆黑的丧葬行列
File.9 不告而别
File.10 来自过去的子弹
File.11 白色世界
对应 TV 176～178《与黑暗组织的再会》
8、Vol.29 File.3 看不见的恐怖
File.4 危险讯号
File.5 光天化日下的埋伏
对应 TV 230～231《谜一样的乘客》
9、Vol.34 File.11 金苹果 ①
Vol.35 File.1 金苹果 ②
File.2 金苹果 ③
File.3 金苹果 ④
File.4 金苹果 ⑤
对应 TV 286～288《工藤新一NY事件》
10、Vol.37 File.5 黑暗的足迹 ①
File.6 黑暗的足迹 ②
File.7 黑暗的足迹 ③
File.8 白雪…黑影…
File.9 危险的相遇
File.10 顺风车
Vol.38 File.1 新兵器！
对应 TV 307～308《无声的证言》、TV 309～311《与黑暗组织的接触》
11、Vol.41 File.10 到访者留下的谜
File.11 小小密室的秘密
Vol.42 File.1 隐藏的真相
对应 TV 340～341《隐藏在厕所中的秘密》
12、Vol.42 File.5 满月之夜、暗黑宴会的陷阱
File.6 染血的幽灵船
File.7 透明人！
File.8 工藤新一登场！？
File.9 面具下的真相
File.10 腐烂的苹果
对应 TV 345《与黑衣组织直面对决 满月之夜的二元推理》
13、Vol.48 File.9 恶作剧的门铃声
File.10 新的黑衣组织成员
Vol.49 File.1 追踪目标！
File.2 新的指令！
File.3 黑衣组织 vs FBI ①
File.4 黑衣组织 vs FBI ②
对应 TV 425《黑色的冲击！组织魔爪伸来的瞬间》
14、Vol.53 File.7 目击者一人
File.8 钉子与蛇
File.9 锤子的真面目
File.10 不可思议的兼职
Vol.54 File.1 晚餐的菜单
File.2 梦中之星
对应 TV 462～465《黑暗组织的影子》系列
15、Vol.57 File.9 乌鸦之歌
File.10 第二条线
File.11 假患者
Vol.58 File.1 跟踪，然后……
File.2 赤井的过去
File.3 孤注一掷
File.4 伪装
File.5 最终手段
File.6 任务
File.7 姐弟
File.8 意外的嫌疑人
File.9 3日又是星期五
File.10 卡迈尔的过去
File.11 魔法的咒语
Vol.58 File.1 钢楔
即TV 495～504《红与黑的碰撞》系列
16、Vol.60 File.3 红白黄色
File.4 黑白人
File.5 新邻居
对应 TV 509《红白黄色与侦探团》、TV 510《柯南 vs 双重暗号之谜》
17、Vol.61 File.8 纸飞机
File.9 信息
File.10 解救
对应 TV 510《柯南 vs 双重暗号之谜》、TV 511《推理对决！新一 vs 冲矢昴》
18、Vol.64 File.1 一角岩
File.2 鲭鱼·鲤鱼·鲷鱼·鲆鱼
File.3 杀气
对应 TV 542～543《让鱼儿消失的一角岩》
19、Vol.67 File.4 危险地带
File.5 赤与13的暗示
File.6 炸弹犯的目的
File.7 暴风雪中的真相
File.8 寂静的战争
对应 TV 57《召唤危机的红色凶兆》、TV 579《黑与13的暗示》、TV 580《逼近黑色时刻》、TV 581《红色的摇摆目标》
五、柯南在漫画中的受伤记录：
Vol.1 File.1 平成时代的福尔摩斯 （被Gin打伤头部并灌下APTX-4869）
Vol.2 File.5 另一个歹徒 （被绑架犯殴打，多处受伤）
Vol.5 File.3 面临危机的小兰 （为救小兰脚腕扭伤）
Vol.5 File.10 陌生的访客 （被迷晕）
Vol.6 File.8 尸体消失之谜 （被凶手殴打）
Vol.7 File.7 名字的秘密 （被浅井尉中从楼中扔出去）
Vol.8 File.2 暗夜的怪男爵～File.3 可怕的病毒 （被“暗夜男爵”从二楼丢到游泳池里）
Vol.10 File.2 西方的名侦探～File.6 浑身发热 （感冒发烧）
Vol.13 File.9 怪兽哥梅拉的悲剧 （割伤手指）
Vol.15 File.6 三重奏！（被绑匪殴打）
Vol.19 File.8 驾照的秘密 （被邵渊己一郎用刀刺伤）
Vol.20 File.2 快逃啊！、File.3 雪地之中 （发烧后晕倒）
Vol.20 File.10 荒野孤城之约～Vol.21 File.1 然后又…… （调查时被犯人偷袭，昏了过去）
Vol.25 File.9 负伤的侦探团～Vol.26 File.1 迷惘的心 （被犯人开枪击中腹部，最危险的一次。并接受小兰的输血）
Vol.29 File.5 光天化日下的埋伏 （救灰原时胳膊、腿部受伤）
Vol.38 File.1 新兵器！（因为缺氧晕了过去）
Vol.38 File.7 不能成为狼人的人 （被凶手殴打，卡住脖子）
Vol.40 File.4 回忆中的网球场～File.6 无法出声 （本来就感冒，又被撞进了河，胳膊扭伤，嗓子还哑了，办案遇到了很大的困难）
Vol.42 File.5 满月之夜、暗黑宴会的陷阱～File.10 腐烂的苹果 （开始时被传染感冒，又被自己的麻醉针睡着，还中了贝尔摩得的催泪瓦斯）
Vol.62 File.5 憎恶之村～File.10 原形（感冒，又掉入湖中，感冒加重）
Vol.65 File.5 摇摆的心 （被抢匪卡住脖子）
Vol.68 File.5 青龙～File.7 白虎 （被基德用电击枪击晕）
Vol.69 File.6 以眼还眼 （被灰原的辣椒伤到）
六、服部在漫画中的受伤记录：
Vol.12 File.10 被识破的谎言～Vol.13 File.1 真面目 （挨了毛利的拳头，还挨了柯南一针）
Vol.19 File.8 驾照的秘密 （阻止坂田自杀时被枪打中肚子，受了重伤。）
Vol.23 File.6 意外的标的～File.9 证人生还了 （被凶手打中头部，掉入海里）
Vol.25 File.7 平次的忿怒 （挨了和叶一耳光）
Vol.28 File.9 最后一箭～File.10 未获回报的心 （被和叶用“儒艮之箭”刺伤手背，而且身上有多处树枝划伤）
Vol.31 File.8 浪速的剑士～Vol.32 File.4 悲哀的虎之卷 （挨了和叶的铅桶、与犯人对打脸被划伤、被服部平藏打得嘴角流血）
Vol.36 File.4 公主与龙宫 （为了抓犯人差点被勒死）
Vol.38 File.8 服部平次穷途末路！①～File.10 服部平次穷途末路！③ （被犯人打得鼻青脸肿）
Vol.47 File.8 出现的魔法 （被菜刀切到了手，漫画版不明显）
希望可以帮助你
001云霄飞车杀人事件（组织）
043江户川柯南诱拐事件(父母知道变小)
048~049外交官杀人事件(平次登场，第一次恢复)
054电玩公司杀人事件（组织）
057，058福尔摩斯迷杀人事件(平次知道身份)
128黑衣组织10亿元抢劫事件
129来自黑暗组织的女子大学教授杀人事件（组织）
170，171暗阁中的死角（新出登场）
176，177，178与黑暗组织的再会（组织）
188－－193危命的复活（新一，兰）
226，227格斗游戏的陷阱（朱蒂登场）
230，231谜一样的乘客（赤井登场）
258，259来自芝加哥的男子（詹姆斯登场）
269，270犯罪的纪念品（有提到警察局关于毛利的案卷被偷一事）
271，272紧急隐藏的省略（朱蒂）
277，278英语教师VS关西侦探（朱蒂）
284~285中华街雨中的似曾相识
286，287，288工藤新一NY事件（不用多说了吧）
307，308无声的证据（组织相关，下一集的引子）
309，310，311与黑色组织的接触（组织）
335，336东都显影所的秘密（有神秘人）
338，339 4辆保时捷（朱蒂和贝尔摩德假扮的新出发现哀）
340，341隐藏在厕所里的秘密（更多关于哀父母的消息，找到明美藏起来的录音带）
343，344便利店的陷阱（最后一段是小兰发现朱蒂藏的照片，怀疑朱蒂）
345与黑衣组织直面对决满月之夜的双重迷案（不多说了）
346，347寻找P股上的印记（上集案件的扫尾，关于哀拒绝证人保护计划的事）
385-387 斯特拉迪瓦里小提琴的不xx音
425 黑色的冲击！黑色组织魔爪伸来的瞬间(水无怜奈登场，小五郎受到怀疑，若不是秀一就挂掉了)
429--430无法回到从前的两个人(本堂)
462 黑衣组织的影子 年幼的目击者
463 黑衣组织的影子 奇妙的照明
464 黑衣组织的影子 谜样的高额报酬
465 黑衣组织的影子 珍珠的流星
466 坚不可摧的雪人（前篇）
467 坚不可摧的雪人（后篇）
484 黑色照片的行踪（前篇）
485 黑色照片的行踪（后篇）
491 红与黑的碰撞 开端
492 红与黑的碰撞 血缘
493 红与黑的碰撞 疾呼
494 红与黑的碰撞 冥土
495 红与黑的碰撞 昏睡
496 红与黑的碰撞 侵入
497 红与黑的碰撞 觉醒
498 红与黑的碰撞 扰乱
499 红与黑的碰撞 伪装
500 红与黑的碰撞 遗言
501 红与黑的碰撞 嫌疑
502 红与黑的碰撞 洁白
503 红与黑的碰撞 决死
504 红与黑的碰撞 殉职
507 卡拉OK房间的死角（前篇）
508 卡拉OK房间的死角（后篇）
黑衣组织曾在第1、2、4、12、18、19、24、34、35、37、38、41、42、48、49、53、54、58、67册上登场。（另外在22、27、30、32、33、45、46、56、60、61、64等册中有出现关于黑衣组织的线索或为以后的主线剧情进行铺垫，因为字数限制就不一一列举了）
1、Vol.1 File.1 平成时代的福尔摩斯
File.2 变成小孩子的名侦探
对应 TV 1《云霄飞车杀人事件》
2、Vol.2 File.4 行踪不明的男子
File.5 可怜的少女
File.6 追踪高大的男人
File.7 恶魔一样的主谋
准确来说，无对应动画剧集，TV 13《奇怪的寻亲杀人事件》侧重寻亲和谋杀， TV 128《黑暗组织10亿元抢劫事件》则侧重明美的死亡和黑衣组织的关系。
3、Vol.4 File.4 黑色公事包之谜
TV 5《新干线大爆破事件》中进行修改，改为与黑衣组织无关。
4、Vol.12 File.4 突如其来的遭遇
File.5 炸弹的下落
File.6 柯南失算了
对应TV 54《电玩公司杀人事件》
5、Vol.18 File.6 转学生
File.7 黑衣女郎
File.8 秘密组织成员·代号雪莉
File.9 伪装的少女
File.10 将死
File.11 为什么？
对应 TV 129《来自黑暗组织的女子 大学教授杀人事件》
6、Vol.19 File.9 被狙击的球！
File.10 5万6千名人质
File.11 远方之眼
对应 TV 130～131《竞技场无差别胁迫事件》
7、Vol.24 File.7 背叛的街角
File.8 漆黑的丧葬行列
File.9 不告而别
File.10 来自过去的子弹
File.11 白色世界
对应 TV 176～178《与黑暗组织的再会》
8、Vol.29 File.3 看不见的恐怖
File.4 危险讯号
File.5 光天化日下的埋伏
对应 TV 230～231《谜一样的乘客》
9、Vol.34 File.11 金苹果 ①
Vol.35 File.1 金苹果 ②
File.2 金苹果 ③
File.3 金苹果 ④
File.4 金苹果 ⑤
对应 TV 286～288《工藤新一NY事件》
10、Vol.37 File.5 黑暗的足迹 ①
File.6 黑暗的足迹 ②
File.7 黑暗的足迹 ③
File.8 白雪…黑影…
File.9 危险的相遇
File.10 顺风车
Vol.38 File.1 新兵器！
对应 TV 307～308《无声的证言》、TV 309～311《与黑暗组织的接触》
11、Vol.41 File.10 到访者留下的谜
File.11 小小密室的秘密
Vol.42 File.1 隐藏的真相
对应 TV 340～341《隐藏在厕所中的秘密》
12、Vol.42 File.5 满月之夜、暗黑宴会的陷阱
File.6 染血的幽灵船
File.7 透明人！
File.8 工藤新一登场！？
File.9 面具下的真相
File.10 腐烂的苹果
对应 TV 345《与黑衣组织直面对决 满月之夜的二元推理》
13、Vol.48 File.9 恶作剧的门铃声
File.10 新的黑衣组织成员
Vol.49 File.1 追踪目标！
File.2 新的指令！
File.3 黑衣组织 vs FBI ①
File.4 黑衣组织 vs FBI ②
对应 TV 425《黑色的冲击！组织魔爪伸来的瞬间》
14、Vol.53 File.7 目击者一人
File.8 钉子与蛇
File.9 锤子的真面目
File.10 不可思议的兼职
Vol.54 File.1 晚餐的菜单
File.2 梦中之星
对应 TV 462～465《黑暗组织的影子》系列
15、Vol.57 File.9 乌鸦之歌
File.10 第二条线
File.11 假患者
Vol.58 File.1 跟踪，然后……
File.2 赤井的过去
File.3 孤注一掷
File.4 伪装
File.5 最终手段
File.6 任务
File.7 姐弟
File.8 意外的嫌疑人
File.9 3日又是星期五
File.10 卡迈尔的过去
File.11 魔法的咒语
Vol.58 File.1 钢楔
即TV 495～504《红与黑的碰撞》系列
16、Vol.60 File.3 红白黄色
File.4 黑白人
File.5 新邻居
对应 TV 509《红白黄色与侦探团》、TV 510《柯南 vs 双重暗号之谜》
17、Vol.61 File.8 纸飞机
File.9 信息
File.10 解救
对应 TV 510《柯南 vs 双重暗号之谜》、TV 511《推理对决！新一 vs 冲矢昴》
18、Vol.64 File.1 一角岩
File.2 鲭鱼·鲤鱼·鲷鱼·鲆鱼
File.3 杀气
对应 TV 542～543《让鱼儿消失的一角岩》
19、Vol.67 File.4 危险地带
File.5 赤与13的暗示
File.6 炸弹犯的目的
File.7 暴风雪中的真相
File.8 寂静的战争
对应 TV 57《召唤危机的红色凶兆》、TV 579《黑与13的暗示》、TV 580《逼近黑色时刻》、TV 581《红色的摇摆目标》
如果楼主所说的主线剧情包括基德等，请继续追问
希望可以帮助你
我是柯南吧知道团队的成员，很高兴能回答您的问题^_^
黑衣组织曾在第1、2、4、12、18、19、24、34、35、37、38、41、42、48、49、53、54、58、67册上登场。（另外在22、27、30、32、33、45、46、56、60、61、64等册中有出现关于黑衣组织的线索或为以后的主线剧情进行铺垫，因为字数限制就不一一列举了）
1、Vol.1 File.1 平成时代的福尔摩斯
File.2 变成小孩子的名侦探
对应 TV 1《云霄飞车杀人事件》
2、Vol.2 File.4 行踪不明的男子
File.5 可怜的少女
File.6 追踪高大的男人
File.7 恶魔一样的主谋
准确来说，无对应动画剧集，TV 13《奇怪的寻亲杀人事件》侧重寻亲和谋杀， TV 128《黑暗组织10亿元抢劫事件》则侧重明美的死亡和黑衣组织的关系。
3、Vol.4 File.4 黑色公事包之谜
TV 5《新干线大爆破事件》中进行修改，改为与黑衣组织无关。
4、Vol.12 File.4 突如其来的遭遇
File.5 炸弹的下落
File.6 柯南失算了
对应TV 54《电玩公司杀人事件》
5、Vol.18 File.6 转学生
File.7 黑衣女郎
File.8 秘密组织成员·代号雪莉
File.9 伪装的少女
File.10 将死
File.11 为什么？
对应 TV 129《来自黑暗组织的女子 大学教授杀人事件》
6、Vol.19 File.9 被狙击的球，
File.10 5万6千名人质
File.11 远方之眼
对应 TV 130~131《竞技场无差别胁迫事件》
7、Vol.24 File.7 背叛的街角
File.8 漆黑的丧葬行列
File.9 不告而别
File.10 来自过去的子弹
File.11 白色世界
对应 TV 176~178《与黑暗组织的再会》
8、Vol.29 File.3 看不见的恐怖
File.4 危险讯号
File.5 光天化日下的埋伏
对应 TV 230~231《谜一样的乘客》
9、Vol.34 File.11 金苹果 ①
Vol.35 File.1 金苹果 ②
File.2 金苹果 ③
File.3 金苹果 ④
File.4 金苹果 ⑤
对应 TV 286~288《工藤新一NY事件》
10、Vol.37 File.5 黑暗的足迹 ①
File.6 黑暗的足迹 ②
File.7 黑暗的足迹 ③
File.8 白雪 黑影
File.9 危险的相遇
File.10 顺风车
Vol.38 File.1 新兵器，
对应 TV 307~308《无声的证言》、TV 309~311《与黑暗组织的接触》
11、Vol.41 File.10 到访者留下的谜
File.11 小小密室的秘密
Vol.42 File.1 隐藏的真相
对应 TV 340~341《隐藏在厕所中的秘密》
12、Vol.42 File.5 满月之夜、暗黑宴会的陷阱
File.6 染血的幽灵船
File.7 透明人，
File.8 工藤新一登场，？
File.9 面具下的真相
File.10 腐烂的苹果
对应 TV 345《与黑衣组织直面对决 满月之夜的二元推理》
13、Vol.48 File.9 恶作剧的门铃声
File.10 新的黑衣组织成员
Vol.49 File.1 追踪目标，
File.2 新的指令，
File.3 黑衣组织 vs FBI ①
File.4 黑衣组织 vs FBI ②
对应 TV 425《黑色的冲击，组织魔爪伸来的瞬间》
14、Vol.53 File.7 目击者一人
File.8 钉子与蛇
File.9 锤子的真面目
File.10 不可思议的兼职
Vol.54 File.1 晚餐的菜单
File.2 梦中之星
对应 TV 462~465《黑暗组织的影子》系列
15、Vol.57 File.9 乌鸦之歌
File.10 第二条线
File.11 假患者
Vol.58 File.1 跟踪，然后
File.2 赤井的过去
File.3 孤注一掷
File.4 伪装
File.5 最终手段
File.6 任务
File.7 姐弟
File.8 意外的嫌疑人
File.9 3日又是星期五
File.10 卡迈尔的过去
File.11 魔法的咒语
Vol.58 File.1 钢楔
即TV 495~504《红与黑的碰撞》系列
16、Vol.60 File.3 红白黄色
File.4 黑白人
File.5 新邻居
对应 TV 509《红白黄色与侦探团》、TV 510《柯南 vs 双重暗号之谜》
17、Vol.61 File.8 纸飞机
File.9 信息
File.10 解救
对应 TV 510《柯南 vs 双重暗号之谜》、TV 511《推理对决，新一 vs 冲矢昴》
18、Vol.64 File.1 一角岩
File.2 鲭鱼·鲤鱼·鲷鱼·鲆鱼
File.3 杀气
对应 TV 542~543《让鱼儿消失的一角岩》
19、Vol.67 File.4 危险地带
File.5 赤与13的暗示
File.6 炸弹犯的目的
File.7 暴风雪中的真相
File.8 寂静的战争
对应 TV 57《召唤危机的红色凶兆》、TV 579《黑与13的暗示》、TV 580《逼近黑色时刻》、TV 581《红色的摇摆目标》
如果楼主所说的主线剧情包括基德等，请继续追问。
楼上的回答很好了，不过新出的涉及主线的人物如世良、安室透和波本的没有列全，补充一下：
幽灵旅馆的推理对决（TV646~647）
对应漫画FILE.768 截拳道 FILE.769 和小鬼一样是侦探 FILE.770 世良的糊涂推理
女子推理小说家杀人事件
FILE.771 让我听下名推理◆ FILE.772 绰号之规则◆ FILE.773 有狙击的可能！◆ FILE.774 没有被翻过的书◆
视频网站诱拐事件
FILE.775 视频网站◆ FILE.776 罐子与猫◆ FILE.777 步美的痕迹◆
未录入单行本的漫画
FILE.793 私家侦探◆
FILE.794 遗传信息◆
FILE.795 回归于火焰的宿命◆
FILE.796 相约科伦坡◆
FILE.797 扭曲交错的谎言与谜题◆
FILE.798 侦探们的夜想曲◆
FILE.799 孩子的好奇心和侦探的探究心◆
FILE.800 立体交错的思绪◆
FILE.801 从来不笑的人◆
FILE.802 别露出那种表情…◆
想了解主线剧情的最新分析的话可以去名侦探柯南事务所看看。个人认为里面青山fans和永恒之光的分析很不错。链接浅谈波本系列的最新进展
http://bbs.aptx.cn/forum-viewthread-tid-234225-fromuid-535557.html这篇名为浅谈波本系列的最新发展。
http://bbs.aptx.cn/thread-218495-1-1.html这篇名为【三万纠结泪—————深入剖析主线剧情多元解读】
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